193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1850 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1850  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  100 
 
 		 262 aa  544  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000906575  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1697  hypothetical protein  90.46 
 
 		 262 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1068  DNA adenine methylase  90.84 
 
 		 262 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.859034  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1923  DNA adenine methylase  89.69 
 
 		 323 aa  503  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.595545  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1638  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  72.35 
 
 		 264 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0463  putative N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  71.86 
 
 		 263 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0177  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  72.62 
 
 		 263 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.044334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2898  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  69.7 
 
 		 263 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160115 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  69.7 
 
 		 263 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  hitchhiker  0.00000213835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1221  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  66.41 
 
 		 265 aa  357  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0898175  hitchhiker  0.0000277159 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0181  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  65.46 
 
 		 251 aa  357  9.999999999999999e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2979  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  63.31 
 
 		 254 aa  348  6e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3388  DNA adenine methylase, putative  64.45 
 
 		 264 aa  345  4e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.352485  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3728  DNA adenine methylase  60.87 
 
 		 274 aa  341  9e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2682  DNA adenine methylase  64.57 
 
 		 263 aa  339  2e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2112  DNA adenine methylase  60.87 
 
 		 253 aa  336  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000292224  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2158  DNA adenine methylase  60.87 
 
 		 253 aa  336  2.9999999999999997e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000173496  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0690  type II DNA modification methyltransferase, putative  60.08 
 
 		 253 aa  335  5e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1401  DNA adenine methylase  59.11 
 
 		 253 aa  315  7e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.990942  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0660  prophage PSPPH06, putative adenine modification methytransferase  55.86 
 
 		 225 aa  244  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3360  adenine specific DNA methyltransferase, D12 class  43.41 
 
 		 262 aa  204  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3376  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  42.53 
 
 		 268 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.684699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3635  putative adenine-specific DNA methyltransferase  42.69 
 
 		 268 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0650243  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2052  N6 adenine-specific DNA methyltransferase, D12 class  42.53 
 
 		 268 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0637864  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0051  putative modification methylase dpniia  38.98 
 
 		 259 aa  192  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0481115  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3004  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  43.39 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3769  adenine-specific DNA methyltransferase  42.31 
 
 		 268 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.307242  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1627  putative N-6 adenine-specific DNA methylase  41.76 
 
 		 268 aa  188  8e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3649  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  41.18 
 
 		 291 aa  183  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0834  DNA adenine methylase  40.34 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000010943  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3085  Site-specific DNA methylase protein  45.41 
 
 		 251 aa  151  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0220  DNA adenine methylase  32.8 
 
 		 271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3396  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.06 
 
 		 263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.181939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1787  hypothetical protein  72.53 
 
 		 93 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1279  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  37.77 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.230898  hitchhiker  0.0056893 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0139  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  37.77 
 
 		 296 aa  128  9.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1568  methyltransferase, putative  37.77 
 
 		 296 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2787  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.59 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113292  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1475  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.97 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0465  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.48 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.821976  normal  0.340502 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1973  hypothetical protein  75.36 
 
 		 87 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1246  hypothetical protein  75.36 
 
 		 87 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3349  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  35.43 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2500  hypothetical protein  73.91 
 
 		 87 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2345  hypothetical protein  74.19 
 
 		 73 aa  105  8e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1822  DNA adenine methylase  32.04 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.176006  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1108  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.88 
 
 		 673 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4452  DNA adenine methyltransferase  30.09 
 
 		 296 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4275  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30 
 
 		 274 aa  95.5  7e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.020773  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0743  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  32.11 
 
 		 291 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0512045  hitchhiker  0.00111999 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1737  DNA adenine methylase  30.58 
 
 		 270 aa  92.8  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00929025  normal  0.808648 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2747  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.22 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.356078 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4929  DNA adenine methylase  28.57 
 
 		 275 aa  89.7  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.307357  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3363  DNA adenine methylase  28.27 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.757208  normal  0.908618 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2739  DNA adenine methylase  28.27 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0677  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.73 
 
 		 271 aa  89  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0670  DNA adenine methylase  31.01 
 
 		 163 aa  87.8  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0429675  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0647  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.1 
 
 		 704 aa  87.8  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4006  DNA adenine methylase  27.69 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.081668 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2199  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  30.88 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00608262 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3758  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.64 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.98981  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0836  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.99 
 
 		 348 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2380  DNA adenine methylase  70.15 
 
 		 101 aa  85.9  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2376  DNA adenine methyltransferase  28.32 
 
 		 285 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00648987  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04430  DNA adenine methylase  26.8 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0261  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  28.38 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1163  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.55 
 
 		 277 aa  82.4  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2663  DNA adenine methylase  27.98 
 
 		 277 aa  82  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00294021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0179  DNA adenine methylase  30.05 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000431718  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1989  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.87 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3351  DNA adenine methylase  28.09 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1897  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.67 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.743533 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2016  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.87 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.469174 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4254  DNA adenine methylase  22.94 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000556419 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3991  DNA adenine methylase  26.81 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.075904  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4215  DNA adenine methylase  22.94 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2339  hypothetical protein  70.49 
 
 		 102 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3140  DNA adenine methylase  29.41 
 
 		 638 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2470  DNA adenine methylase  29.02 
 
 		 280 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000934138  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1945  DNA adenine methylase  29.93 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2646  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  29.08 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3837  DNA adenine methylase  26.6 
 
 		 279 aa  75.5  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1093  DNA adenine methylase  29.67 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118835  hitchhiker  0.000226621 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1281  DNA adenine methylase  25.28 
 
 		 288 aa  73.9  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329872  normal  0.126066 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3347  DNA adenine methylase  27.96 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.873533  normal  0.758382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4704  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.18 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0118751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5102  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.41 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4115  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.97 
 
 		 530 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3321  DNA adenine methylase  27.32 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4407  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  26.67 
 
 		 283 aa  69.3  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.167881 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0847  DNA adenine methylase  30.62 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0151  DNA adenine methylase  30.14 
 
 		 306 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.851887  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1835  DNA adenine methylase  27.57 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0884  DNA adenine methylase  30.1 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000960446 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3724  DNA adenine methylase  31.58 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00179541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0228  DNA adenine methylase  31.58 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0459983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2387  hypothetical protein  82.86 
 
 		 42 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0654736  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3963  DNA adenine methylase  31.58 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0102575  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5496  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase  25.93 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2087  DNA adenine methylase  29.06 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.674044  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>