120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3381 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3381  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  100 
 
 
282 aa  591  1e-168  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.717643  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2660  23S rRNA methyltransferase A  42.86 
 
 
271 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000543045  hitchhiker  0.00521689 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1707  23S rRNA methyltransferase A  42.86 
 
 
271 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000156407  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1747  23S rRNA methyltransferase A  42.47 
 
 
271 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00290496  normal  0.326236 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1704  23S rRNA methyltransferase A  44.22 
 
 
271 aa  218  6e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000062625  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01907  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  41.26 
 
 
290 aa  218  7e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0387238  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1589  23S rRNA methyltransferase A  40.36 
 
 
278 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.972827  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03053  23S rRNA methyltransferase A  38.21 
 
 
317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2408  23S rRNA methyltransferase A  43.63 
 
 
271 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0949625  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2478  23S rRNA methyltransferase A  43.24 
 
 
271 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.452942  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2570  23S rRNA methyltransferase A  43.97 
 
 
271 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.69516  normal  0.566624 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2181  23S rRNA methyltransferase A  40 
 
 
269 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002905  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  37.86 
 
 
275 aa  208  7e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1660  23S rRNA methyltransferase A  41.31 
 
 
279 aa  207  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000847833  normal  0.340035 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1692  23S rRNA methyltransferase A  38.52 
 
 
273 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.653904  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2376  23S rRNA methyltransferase A  41.31 
 
 
279 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  9.47252e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2472  23S rRNA methyltransferase A  41.31 
 
 
279 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.339553  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2788  23S rRNA methyltransferase A  42.47 
 
 
271 aa  206  4e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1571  23S rRNA methyltransferase A  40.23 
 
 
271 aa  203  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2051  23S rRNA methyltransferase A  40.6 
 
 
274 aa  202  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0639711  normal  0.0300998 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2820  23S rRNA methyltransferase A  40.61 
 
 
273 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00132792  decreased coverage  0.0000238774 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3309  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.1 
 
 
272 aa  198  7e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.260983  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1613  23S rRNA methyltransferase A  41.04 
 
 
270 aa  195  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0846237  hitchhiker  0.00925315 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2214  23S rRNA methyltransferase A  40.07 
 
 
276 aa  195  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000260079  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3174  23S rRNA methyltransferase A  38.43 
 
 
277 aa  195  8.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2391  23S rRNA methyltransferase A  40.96 
 
 
286 aa  192  4e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0129084  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1921  23S rRNA methyltransferase A  39.1 
 
 
276 aa  192  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000726719  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2615  23S rRNA methyltransferase A  38.7 
 
 
271 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00654791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1522  rRNA large subunit methyltransferase A, putative  39.7 
 
 
269 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2286  23S rRNA methyltransferase A  35.31 
 
 
282 aa  191  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2486  23S rRNA methyltransferase A  38.91 
 
 
268 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.228527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1087  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.16 
 
 
269 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.162642  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2049  23S rRNA methyltransferase A  37.84 
 
 
269 aa  188  7e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000258454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1821  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.84 
 
 
269 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000864083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1912  23S rRNA methyltransferase A  37.84 
 
 
269 aa  187  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1367  23S rRNA methyltransferase A  38.22 
 
 
269 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000667026  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2087  23S rRNA methyltransferase A  37.84 
 
 
269 aa  187  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000369097  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1524  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  40 
 
 
270 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.222392 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1129  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.62 
 
 
270 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2552  23S rRNA methyltransferase A  37.28 
 
 
269 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000580084  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01792  23S rRNA m1G745 methyltransferase  38.22 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000732176  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01780  hypothetical protein  38.22 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000118677  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1810  23S rRNA methyltransferase A  38.22 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00511797  normal  0.361683 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4200  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.62 
 
 
270 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244001  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1330  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.58 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.236151  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4095  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.87 
 
 
270 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149378  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2615  Methyltransferase type 11  32.62 
 
 
282 aa  181  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39160  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  38.7 
 
 
267 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1971  23S rRNA methyltransferase A  37.37 
 
 
279 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  normal  0.0234483 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4218  rRNA methyltransferase  38.95 
 
 
267 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1979  23S rRNA methyltransferase A  38.28 
 
 
269 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1978  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  35.36 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000355132  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49390  rRNA methyltransferase  38.87 
 
 
267 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0600503  normal  0.756715 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1975  23S rRNA methyltransferase A  38.25 
 
 
269 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.771839  normal  0.348646 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2036  23S rRNA methyltransferase A  38.25 
 
 
269 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36695  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1296  23S rRNA methyltransferase A  37.89 
 
 
269 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000629617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1480  23S rRNA methyltransferase A  38.25 
 
 
269 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.494279  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2026  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  34.89 
 
 
274 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3067  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  39.31 
 
 
270 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.254244  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1753  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.28 
 
 
285 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1451  SAM-dependent methyltransferase  37.12 
 
 
271 aa  166  4e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0491  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.45 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1334  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  37.22 
 
 
283 aa  162  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3178  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  36.73 
 
 
283 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.778846  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1059  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  36.8 
 
 
282 aa  159  7e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1475  TonB-dependent receptor  33.81 
 
 
294 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1980  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  33.1 
 
 
309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369275  normal  0.0666116 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0138  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.56 
 
 
320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0279  hypothetical protein  30.74 
 
 
302 aa  125  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000809235  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2050  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase  30.25 
 
 
313 aa  125  9e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0814  methyltransferase type 11  31.27 
 
 
293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2374  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.99 
 
 
313 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.983483  normal  0.777299 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09700  methyltransferase family protein  32.28 
 
 
302 aa  118  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.635905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0404  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  35.32 
 
 
277 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0968  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  29.53 
 
 
277 aa  116  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000856039  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2899  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  26.82 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000719078  hitchhiker  0.00146676 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3078  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  26.72 
 
 
279 aa  113  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000214385  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2981  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  26.72 
 
 
279 aa  112  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000243248  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6121  methyltransferase type 11  28.77 
 
 
311 aa  112  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.962234 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1778  rRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, putative  30.62 
 
 
283 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2254  SAM-dependent methyltransferase  28.95 
 
 
273 aa  112  7.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.622904  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0509  methyltransferase type 12  32.35 
 
 
326 aa  112  8.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.232418  normal  0.294126 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0187  type 11 methyltransferase  30.04 
 
 
276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2637  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.82 
 
 
279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0727904  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1113  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  28.21 
 
 
285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0490976  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1294  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  27.46 
 
 
275 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2191  methyltransferase type 11  35.35 
 
 
283 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0208544  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1005  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.07 
 
 
274 aa  106  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000007859  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1934  Methyltransferase type 11  34.24 
 
 
292 aa  106  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000111117 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0717  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  31.16 
 
 
281 aa  106  5e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2162  methyltransferase  31.27 
 
 
281 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1162  rRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase  27.94 
 
 
292 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000132162  normal  0.0179239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  27.73 
 
 
280 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.53281  normal  0.164322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0560  methyltransferase  30 
 
 
289 aa  99.8  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.199813  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1787  Methyltransferase type 11  33.17 
 
 
281 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.240393  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1197  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  25.98 
 
 
280 aa  98.6  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1230  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  25.98 
 
 
280 aa  98.6  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.706376  normal  0.528023 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0758  methyltransferase type 11  31.51 
 
 
295 aa  98.2  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0490595 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1716  Methyltransferase type 11  33.67 
 
 
282 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.384716  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1153  ribosomal RNA large subunit methyltransferase A, putative  25.78 
 
 
280 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.010967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>