128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0572 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  100 
 
 
188 aa  386  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  92.82 
 
 
188 aa  346  1e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.19 
 
 
182 aa  246  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.26 
 
 
174 aa  241  6e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.07 
 
 
174 aa  234  7e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  61.68 
 
 
174 aa  218  3e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.87 
 
 
174 aa  215  4e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  36.36 
 
 
179 aa  105  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.56 
 
 
178 aa  87  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.78 
 
 
177 aa  86.3  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.61 
 
 
197 aa  85.5  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  45.12 
 
 
177 aa  82  4e-15  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  47.56 
 
 
177 aa  81.6  6e-15  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  49.37 
 
 
177 aa  81.6  7e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  49.32 
 
 
177 aa  80.1  2e-14  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.53 
 
 
169 aa  79.7  2e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  31.74 
 
 
184 aa  79.3  3e-14  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  46.58 
 
 
177 aa  78.2  7e-14  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  46.34 
 
 
177 aa  76.6  2e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  31.85 
 
 
175 aa  76.3  3e-13  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.11 
 
 
193 aa  74.3  9e-13  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  2.55237e-07 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.29 
 
 
176 aa  69.3  3e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.52 
 
 
179 aa  67.4  1e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4056  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.23 
 
 
204 aa  66.6  2e-10  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.022799  hitchhiker  1.94913e-06 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  38.36 
 
 
177 aa  63.9  1e-09  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.63 
 
 
208 aa  62.4  3e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  29.93 
 
 
133 aa  60.5  2e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  25.29 
 
 
175 aa  59.7  3e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.37 
 
 
133 aa  58.9  4e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  25.93 
 
 
132 aa  55.8  3e-07  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  36.49 
 
 
201 aa  54.7  7e-07  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2763  hypothetical protein  24.85 
 
 
174 aa  53.1  2e-06  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.861823  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 
134 aa  52.8  3e-06  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.07 
 
 
122 aa  52.4  4e-06  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.23 
 
 
205 aa  52  5e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  42.86 
 
 
135 aa  51.6  6e-06  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.37 
 
 
134 aa  51.2  8e-06  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.85 
 
 
137 aa  51.2  1e-05  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 
218 aa  50.8  1e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  31.67 
 
 
145 aa  49.7  2e-05  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
141 aa  49.7  2e-05  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
145 aa  49.7  2e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.72 
 
 
141 aa  50.1  2e-05  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 
134 aa  49.7  3e-05  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 
134 aa  49.7  3e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 
134 aa  48.9  4e-05  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
135 aa  48.9  4e-05  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.98 
 
 
136 aa  48.9  5e-05  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  42 
 
 
136 aa  48.9  5e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  41.67 
 
 
134 aa  48.5  5e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  39.58 
 
 
141 aa  48.5  5e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  5.40401e-11  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
134 aa  48.5  6e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  19.42 
 
 
152 aa  48.1  8e-05  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  25.93 
 
 
154 aa  47.8  9e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  40.82 
 
 
135 aa  47  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.06 
 
 
136 aa  47.8  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  37.93 
 
 
208 aa  47.8  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.73 
 
 
137 aa  47.4  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.37129e-08  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.59 
 
 
136 aa  47  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
135 aa  47  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  37.74 
 
 
134 aa  46.6  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.71 
 
 
135 aa  46.2  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
134 aa  46.2  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
130 aa  46.2  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.09 
 
 
138 aa  45.8  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.37 
 
 
134 aa  45.8  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.41 
 
 
134 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.74 
 
 
134 aa  45.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  38 
 
 
134 aa  45.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.93 
 
 
141 aa  45.4  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.19 
 
 
140 aa  45.4  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  31.2 
 
 
136 aa  45.8  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  38 
 
 
134 aa  45.4  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
140 aa  45.1  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  50 
 
 
143 aa  44.7  0.0007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.4 
 
 
140 aa  44.7  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 
134 aa  44.7  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4648  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.53 
 
 
193 aa  44.7  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.74 
 
 
135 aa  44.7  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  39.58 
 
 
134 aa  44.7  0.0009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  35.85 
 
 
134 aa  44.7  0.0009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.2 
 
 
136 aa  44.7  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.06 
 
 
135 aa  44.3  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  34.48 
 
 
146 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.12 
 
 
140 aa  43.9  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.79 
 
 
135 aa  44.3  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3232  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 
146 aa  44.3  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1303  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
211 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.96 
 
 
134 aa  43.5  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.86 
 
 
132 aa  43.1  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0439  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.84 
 
 
132 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.29268  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>