More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3540 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 317 aa  637    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  88.96 
 
 		 317 aa  541  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  70.71 
 
 		 298 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  70.71 
 
 		 347 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  56.16 
 
 		 296 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  55.82 
 
 		 297 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.48 
 
 		 290 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.14 
 
 		 290 aa  281  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.85 
 
 		 290 aa  279  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.85 
 
 		 290 aa  279  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.85 
 
 		 290 aa  279  5e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.63 
 
 		 286 aa  276  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  49.15 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.15 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.15 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  49.15 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.15 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.15 
 
 		 293 aa  271  8.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.81 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.11 
 
 		 287 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.11 
 
 		 287 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.11 
 
 		 287 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.11 
 
 		 287 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.11 
 
 		 287 aa  265  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  46.92 
 
 		 292 aa  265  1e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.86 
 
 		 291 aa  262  6e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  48.45 
 
 		 288 aa  258  9e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 304 aa  255  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 308 aa  255  9e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 304 aa  255  9e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  49.81 
 
 		 268 aa  248  8e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  49.81 
 
 		 268 aa  248  8e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  47.59 
 
 		 306 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  46.76 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.33 
 
 		 303 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.68 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 308 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 296 aa  215  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  46.53 
 
 		 291 aa  215  9e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 325 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  38.31 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 308 aa  209  6e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  38.05 
 
 		 300 aa  207  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 323 aa  199  7e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  43.13 
 
 		 294 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  39.53 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  36.43 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  35.89 
 
 		 291 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  190  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  37.98 
 
 		 308 aa  182  8.000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4023  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 318 aa  159  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.93 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  32.12 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  35.11 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 290 aa  155  7e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 296 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 293 aa  149  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1844  LysR family transcription regulator  31.44 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00735854  normal  0.299605 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0262  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  30.85 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>