81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1491 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1491  CheW domain-containing protein  100 
 
 
215 aa  430  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000195231  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4231  putative CheW protein  99.53 
 
 
221 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1096  CheW protein  91.63 
 
 
221 aa  397  1e-110  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.153582  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4127  CheW protein  75.81 
 
 
221 aa  328  5e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0808304  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1055  CheW protein  61.57 
 
 
227 aa  237  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16460  CheW domain-containing protein  55.45 
 
 
229 aa  231  8e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.15131  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1496  CheW domain protein  59.81 
 
 
229 aa  231  8e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1306  CheW-like protein  60.28 
 
 
229 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00397528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1432  hypothetical protein  55.45 
 
 
229 aa  216  3e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320082  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3650  CheW protein  44.44 
 
 
225 aa  164  1e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.107896  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4573  CheW protein  40.09 
 
 
233 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.468736  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3790  CheW protein  40.09 
 
 
233 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.948042  normal  0.361665 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3734  CheW protein  40.09 
 
 
233 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576231  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3970  putative chemotaxis signal transduction protein CheW  40.34 
 
 
250 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000212039  hitchhiker  0.0041707 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3976  CheW protein  40.09 
 
 
226 aa  143  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5516  CheW protein  39.3 
 
 
240 aa  142  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.334912  normal  0.661174 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2305  CheW protein  39.21 
 
 
235 aa  142  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.327195 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3682  CheW protein  38.36 
 
 
238 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358535  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5392  CheW protein  41.28 
 
 
233 aa  141  8e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  0.324475 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4943  CheW protein  38.26 
 
 
247 aa  133  2e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318865  normal  0.879884 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0504  chemotaxis protein cheW  35.27 
 
 
239 aa  132  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.369633  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1524  CheW protein  30.77 
 
 
246 aa  132  4e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1401  chemotaxis protein cheW  36.09 
 
 
244 aa  131  8e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1598  chemotaxis protein cheW  36.09 
 
 
244 aa  131  8e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2539  CheW domain-containing protein  36.09 
 
 
244 aa  131  8e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.155706  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0257  chemotaxis protein cheW  36.09 
 
 
244 aa  131  8e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.269049  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2684  CheW domain-containing protein  35.78 
 
 
246 aa  130  1e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2030  CheW protein  32.24 
 
 
253 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2056  CheW protein  32.24 
 
 
253 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0830  CheW-like domain-containing protein  32.86 
 
 
217 aa  101  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0965  chemotaxis protein cheW  38.1 
 
 
201 aa  99.4  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0220  chemotaxis protein cheW  38.1 
 
 
201 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.981977  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6784  CheW protein  32.86 
 
 
199 aa  51.6  8e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.428989 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2148  CheW protein  23.7 
 
 
140 aa  51.2  1e-05  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0798486  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3800  CheW protein  29.27 
 
 
176 aa  48.9  5e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3029  CheW protein  21.99 
 
 
163 aa  48.5  7e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3123  chemotaxis protein CheV  27.03 
 
 
299 aa  48.1  9e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0129  CheW-like protein  30.95 
 
 
178 aa  47.8  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1195  CheW protein  32.67 
 
 
212 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1099  putative CheW protein  27.03 
 
 
152 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2435  putative chemotaxis scaffold protein, CheW1  27.03 
 
 
152 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.608913  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2676  CheW protein  32.35 
 
 
212 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0640816  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2771  CheW protein  31.68 
 
 
212 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0420843  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2493  putative CheW protein  25.68 
 
 
299 aa  47  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3396  putative CheW protein  27.78 
 
 
295 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4393  chemotaxis protein CheV  28.26 
 
 
309 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1463  response regulator receiver modulated CheW protein  26.71 
 
 
308 aa  45.8  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1461  putative CheW protein  28.26 
 
 
309 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3954  response regulator receiver modulated CheW protein  28.26 
 
 
309 aa  45.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3734  response regulator receiver modulated CheW protein  27.97 
 
 
309 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1437  response regulator receiver modulated CheW protein  26.03 
 
 
299 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.080472 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3205  CheW protein  23.61 
 
 
162 aa  44.3  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200572  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1372  response regulator receiver modulated CheW protein  26.03 
 
 
299 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2421  CheW protein  31.51 
 
 
178 aa  44.7  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.726921  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0498  putative chemotaxis protein, CheW-like  25.68 
 
 
302 aa  44.3  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.857231  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1425  response regulator receiver modulated CheW protein  26.03 
 
 
299 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.419487  normal  0.0812955 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2892  putative CheW protein  32.86 
 
 
159 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.953703 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1600  CheW protein  27.66 
 
 
171 aa  43.5  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.443722  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0324  CheW protein  26.95 
 
 
161 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1647  CheW protein  25 
 
 
189 aa  43.5  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00542103 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0875  CheW protein  29.17 
 
 
154 aa  43.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5306  CheW protein  28.87 
 
 
179 aa  43.1  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0138969  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2154  putative CheW protein  25.42 
 
 
139 aa  42.7  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0172  putative CheW protein  19.29 
 
 
146 aa  43.1  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0865787  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1391  CheW protein  20.42 
 
 
141 aa  42.7  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0927  CheW protein  20.62 
 
 
157 aa  42.7  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.176763  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3486  response regulator receiver:CheW-like protein  26.9 
 
 
308 aa  42.4  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00050  chemotaxis signal transduction protein  27.81 
 
 
160 aa  42.4  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368988  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1927  chemotaxis protein CheV, putative  26.9 
 
 
308 aa  42.4  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203525  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0878  CheW protein  31.58 
 
 
192 aa  42.4  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00285186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4253  CheW protein  27.27 
 
 
310 aa  42.4  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3019  putative CheW protein  41.77 
 
 
175 aa  42.4  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.42559  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07610  putative CheW protein  22.77 
 
 
159 aa  42.4  0.006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0087055  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2166  putative CheW protein  35.38 
 
 
205 aa  42  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.260989  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1068  putative CheW protein  25.87 
 
 
309 aa  42  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0334866  normal  0.0302452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1918  CheW protein  39.66 
 
 
161 aa  41.6  0.008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.33362  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1420  CheW protein  37.7 
 
 
161 aa  41.6  0.009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.701601  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0732  putative CheW protein  18.57 
 
 
146 aa  41.6  0.009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.189251  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1142  purine-binding chemotaxis protein CheW  35.71 
 
 
164 aa  41.6  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0223438  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1450  chemotaxis signal transduction protein  24.51 
 
 
518 aa  41.6  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1992  CheW domain protein  25 
 
 
169 aa  41.6  0.01  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>