More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4233 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  96.34 
 
 
331 aa  665  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  100 
 
 
328 aa  681  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  80.3 
 
 
341 aa  561  1e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.81496e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  80.73 
 
 
338 aa  559  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  75.84 
 
 
333 aa  526  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  7.82419e-07 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  71.43 
 
 
332 aa  497  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  70.64 
 
 
333 aa  499  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  71.73 
 
 
332 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  71.43 
 
 
332 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  71.43 
 
 
332 aa  496  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  71.43 
 
 
332 aa  495  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  68.71 
 
 
330 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  69.02 
 
 
330 aa  483  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  68.71 
 
 
330 aa  482  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  68.4 
 
 
330 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  68.4 
 
 
330 aa  478  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  68.4 
 
 
330 aa  478  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  68.4 
 
 
330 aa  481  1e-134  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  56.71 
 
 
334 aa  391  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  53.8 
 
 
336 aa  372  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  53.8 
 
 
340 aa  373  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  52.74 
 
 
333 aa  366  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  51.83 
 
 
334 aa  352  6e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  52.29 
 
 
336 aa  351  9e-96  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  49.7 
 
 
334 aa  343  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.93 
 
 
337 aa  342  5e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  47.87 
 
 
333 aa  342  6e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  50.61 
 
 
334 aa  340  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  50 
 
 
336 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.65 
 
 
333 aa  337  1e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0519  LacI family transcription regulator  47.72 
 
 
334 aa  322  6e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.34 
 
 
341 aa  318  8e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.26079e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.94316e-05 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.6163e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.04 
 
 
341 aa  317  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.203e-08  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.65 
 
 
341 aa  315  6e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  6.79153e-06 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.43 
 
 
341 aa  313  2e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.43 
 
 
341 aa  313  2e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.43 
 
 
341 aa  313  2e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.34 
 
 
341 aa  313  3e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.34 
 
 
341 aa  313  3e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  46.34 
 
 
341 aa  313  3e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.43 
 
 
341 aa  312  4e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.12 
 
 
341 aa  312  5e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.85436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.12 
 
 
341 aa  312  5e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  6.5632e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.12 
 
 
341 aa  311  9e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  44.82 
 
 
341 aa  311  9e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.12 
 
 
341 aa  308  6e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  45.12 
 
 
341 aa  308  9e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  44.51 
 
 
353 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  42.99 
 
 
357 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  41.46 
 
 
332 aa  256  3e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  41.32 
 
 
346 aa  253  4e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  40.48 
 
 
347 aa  252  6e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  41.32 
 
 
346 aa  252  6e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  41.46 
 
 
342 aa  251  1e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  9.20501e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  40.24 
 
 
338 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  40.55 
 
 
338 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  37.92 
 
 
335 aa  244  1e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  39.94 
 
 
337 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  42.35 
 
 
333 aa  241  2e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  38.53 
 
 
339 aa  239  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  39.94 
 
 
337 aa  238  7e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  38.6 
 
 
343 aa  236  5e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.5 
 
 
348 aa  233  3e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  39.33 
 
 
340 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 
342 aa  232  6e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  39.33 
 
 
340 aa  232  8e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 
340 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.1 
 
 
342 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.88 
 
 
335 aa  231  1e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.1 
 
 
342 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  37.05 
 
 
346 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  38.96 
 
 
337 aa  229  7e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  37.99 
 
 
343 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  37.99 
 
 
343 aa  229  7e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  39.33 
 
 
340 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.75 
 
 
336 aa  228  8e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 
346 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 
333 aa  227  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  1.8406e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  37.69 
 
 
343 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 
343 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 
343 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 
343 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 
343 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.39 
 
 
330 aa  222  5e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.9 
 
 
342 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  37.08 
 
 
343 aa  220  2e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  37.08 
 
 
343 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  37.08 
 
 
343 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  37.08 
 
 
343 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  37.73 
 
 
348 aa  220  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  6.57853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.69 
 
 
337 aa  220  3e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  38.23 
 
 
334 aa  220  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.84 
 
 
355 aa  219  5e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>