More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0012 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0216  tryptophanyl-tRNA synthetase  92.51 
 
 
347 aa  671  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0012  tryptophanyl-tRNA synthetase  100 
 
 
347 aa  719  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0108214  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0459  tryptophanyl-tRNA synthetase  86.34 
 
 
349 aa  636  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0249  tryptophanyl-tRNA synthetase  86.13 
 
 
348 aa  630  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0230616  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0583  tryptophanyl-tRNA synthetase  85.88 
 
 
350 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0109318  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0459  tryptophanyl-tRNA synthetase  84.97 
 
 
350 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860654  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0038  tryptophanyl-tRNA synthetase  83.43 
 
 
350 aa  607  1e-172  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.344371 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2568  tryptophanyl-tRNA synthetase  79.24 
 
 
344 aa  572  1e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184984 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3085  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.73 
 
 
345 aa  547  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.424246 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0338  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.5 
 
 
353 aa  542  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0294  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.5 
 
 
353 aa  542  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.496301 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0370  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.5 
 
 
353 aa  541  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5332  tryptophanyl-tRNA synthetase  74.64 
 
 
354 aa  539  1e-152  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0907404  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0360  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.75 
 
 
344 aa  527  1e-148  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.629227  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4409  tryptophanyl-tRNA synthetase  76.45 
 
 
347 aa  525  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3413  tryptophanyl-tRNA synthetase  75.29 
 
 
347 aa  513  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3608  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.14 
 
 
335 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0142  tryptophanyl-tRNA synthetase  67.52 
 
 
355 aa  488  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0136  tryptophanyl-tRNA synthetase  67.52 
 
 
355 aa  488  1e-137  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0748713  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0155  tryptophanyl-tRNA synthetase  66.67 
 
 
355 aa  487  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4035  tryptophanyl-tRNA synthetase  66 
 
 
355 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0427  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.96 
 
 
354 aa  475  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522536  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3535  tryptophanyl-tRNA synthetase  68.13 
 
 
332 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  66.38 
 
 
354 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  hitchhiker  2.06811e-05 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0455  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.45 
 
 
357 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396107  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1808  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.45 
 
 
357 aa  455  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1167  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.61 
 
 
356 aa  454  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0466  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.45 
 
 
347 aa  452  1e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.21086 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0026  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.86 
 
 
354 aa  451  1e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606354  normal  0.463115 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0038  tryptophanyl-tRNA synthetase  64.57 
 
 
354 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0701529  normal  0.176582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.79 
 
 
342 aa  443  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2836  tryptophanyl-tRNA synthetase  63.19 
 
 
341 aa  440  1e-122  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0141096  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0012  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.88 
 
 
344 aa  434  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00178071  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0894  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.27 
 
 
341 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0082  tryptophanyl-tRNA synthetase  61.11 
 
 
331 aa  423  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.141856  normal  0.0206333 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3024  tryptophanyl-tRNA synthetase  59.36 
 
 
345 aa  420  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0588  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.21 
 
 
339 aa  414  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115132  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3953  tryptophanyl-tRNA synthetase  60.51 
 
 
339 aa  406  1e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0672671  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3827  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.35 
 
 
331 aa  406  1e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0534777 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1020  tryptophanyl-tRNA synthetase  62.03 
 
 
333 aa  392  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2013  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.43 
 
 
332 aa  379  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0126369 
 
 
-
 
NC_002978  WD0801  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.71 
 
 
332 aa  335  5e-91  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.154827  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1037  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.14 
 
 
337 aa  330  3e-89  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_19560  predicted protein  48.55 
 
 
342 aa  326  4e-88  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.387855  normal  0.373209 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1308  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.86 
 
 
355 aa  323  2e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.917887  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4693  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.42 
 
 
339 aa  323  2e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4238  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.71 
 
 
337 aa  322  8e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.121944  hitchhiker  7.08237e-05 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0351  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.41 
 
 
336 aa  320  2e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2993  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.42 
 
 
335 aa  320  3e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0321948  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0938  tryptophanyl-tRNA synthetase  51.59 
 
 
337 aa  319  5e-86  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.468666  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10521  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.56 
 
 
337 aa  319  5e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.167395  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2075  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.7 
 
 
336 aa  317  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00113563  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2051  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.7 
 
 
336 aa  317  3e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0598  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.38 
 
 
338 aa  314  1e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.698787  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0275  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.23 
 
 
330 aa  314  1e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1704  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.97 
 
 
327 aa  313  4e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06631  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.38 
 
 
347 aa  312  5e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1252  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.11 
 
 
348 aa  310  3e-83  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06541  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.09 
 
 
338 aa  309  4e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06541  tryptophanyl-tRNA synthetase  47.51 
 
 
337 aa  309  4e-83  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.80652  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06241  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.09 
 
 
338 aa  308  7e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.682409  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.92 
 
 
337 aa  305  5e-82  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.852523  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4670  tryptophanyl-tRNA synthetase  49.42 
 
 
335 aa  302  4e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.406133  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18651  tryptophanyl-tRNA synthetase  48.54 
 
 
337 aa  302  6e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.8826 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2121  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.8 
 
 
336 aa  300  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0128322 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3877  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.15 
 
 
334 aa  298  7e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4054  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.86 
 
 
334 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.158316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0266  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.15 
 
 
334 aa  297  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.456262  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002271  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.19 
 
 
338 aa  296  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2200  tryptophanyl-tRNA synthetase  45.48 
 
 
365 aa  295  6e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2728  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.61 
 
 
338 aa  293  4e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3721  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.12 
 
 
346 aa  291  8e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0742985  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0231  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.12 
 
 
346 aa  291  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.610742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0344  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.86 
 
 
334 aa  291  1e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3849  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3678  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3753  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3680  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.408983  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3660  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0133889 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3787  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4688  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.57 
 
 
334 aa  290  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.79843  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0220  tryptophanyl-tRNA synthetase  46.53 
 
 
328 aa  290  3e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3797  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.27 
 
 
334 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0456101 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3960  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 
346 aa  290  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0329  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 
334 aa  290  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3580  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 
334 aa  290  4e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.514705  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1530  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.02 
 
 
334 aa  289  4e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  7.59272e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0329  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 
334 aa  290  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.449952  normal  0.333655 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03188  hypothetical protein  42.98 
 
 
334 aa  290  4e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03236  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.98 
 
 
334 aa  290  4e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0383  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.12 
 
 
332 aa  289  5e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3761  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.69 
 
 
334 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.602445  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4599  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.82 
 
 
334 aa  287  2e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.763088  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00082  tryptophanyl-tRNA synthetase  44 
 
 
345 aa  286  4e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3853  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.4 
 
 
334 aa  284  2e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0135693  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0754  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.4 
 
 
328 aa  283  3e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0110  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.15 
 
 
333 aa  282  5e-75  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1610  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.9 
 
 
328 aa  283  5e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1411  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.76 
 
 
336 aa  280  2e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.0643e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1037  tryptophanyl-tRNA synthetase  44.54 
 
 
339 aa  281  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.502429 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>