More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2053 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 67 aa  138  3e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 		 67 aa  110  6e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 67 aa  108  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  74.63 
 
 		 67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.73 
 
 		 67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 67 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 67 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 67 aa  107  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  71.21 
 
 		 67 aa  107  6e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  107  8.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.54507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 		 67 aa  105  3e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  74.24 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 67 aa  103  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2333  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000675435 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2600  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 		 67 aa  103  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.612278  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  70.77 
 
 		 79 aa  102  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  75.76 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2295  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.904352  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2342  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2334  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.213577  normal  0.0207687 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 67 aa  100  5e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  67.19 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29050  cold-shock DNA-binding protein family  71.88 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.415515  normal  0.771728 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  71.21 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0073  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.621224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  71.21 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  98.2  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0175  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2869  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0181409  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  73.13 
 
 		 66 aa  96.7  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  61.19 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3605  putative cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.439248 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 		 68 aa  95.1  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  66.15 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  94.7  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  65.62 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 66 aa  94.4  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0587  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 67 aa  94.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.19 
 
 		 72 aa  94.4  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0290  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3948  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  61.19 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 		 68 aa  94  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0803  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 66 aa  94  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 94 aa  94  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.69 
 
 		 67 aa  93.6  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  67.19 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.69 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000424325  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  68.75 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4469  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 		 67 aa  93.6  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  62.69 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  61.54 
 
 		 68 aa  93.2  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  65.57 
 
 		 68 aa  92.8  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  62.69 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  65.08 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10670  cold-shock DNA-binding protein family  68.75 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00582905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  65.08 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  70.77 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  65.08 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  65.08 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  65.08 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  65.08 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  92  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>