64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0092 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0092  hypothetical protein  100 
 
 
134 aa  275  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215485  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2352  hypothetical protein  68.18 
 
 
133 aa  177  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.188456  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2986  hypothetical protein  64.34 
 
 
132 aa  166  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.338294  normal  0.0850747 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5829  putative cytochrome c protein, class I  48.8 
 
 
136 aa  120  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5240  putative cytochrome c class I protein  56.38 
 
 
140 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.114895  normal  0.361505 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3893  cytochrome c class I  48.94 
 
 
165 aa  105  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.894591  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1994  putative cytochrome c  44.44 
 
 
132 aa  91.3  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0572463  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3383  cytochrome c class I  50.62 
 
 
120 aa  90.1  8e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1995  cytochrome c class I  41.76 
 
 
293 aa  79.3  1e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0213556  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 
311 aa  62  3e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  41.33 
 
 
352 aa  57.8  6e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  35.35 
 
 
322 aa  57.4  7e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 
370 aa  56.6  1e-07  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 
352 aa  55.8  2e-07  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  37.33 
 
 
354 aa  54.7  4e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  37.33 
 
 
372 aa  54.7  4e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  37.33 
 
 
353 aa  55.1  4e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  37.33 
 
 
372 aa  54.7  4e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  37.33 
 
 
434 aa  54.7  4e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  37.33 
 
 
381 aa  54.3  5e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  32.71 
 
 
330 aa  52.4  2e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  38.16 
 
 
351 aa  52.4  2e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  38.1 
 
 
371 aa  52  3e-06  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  29.49 
 
 
349 aa  52  3e-06  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.6  3e-06  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  37.33 
 
 
354 aa  51.6  4e-06  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.6  4e-06  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.6  4e-06  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  25.77 
 
 
349 aa  51.2  5e-06  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  36 
 
 
353 aa  50.1  1e-05  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  35.87 
 
 
132 aa  50.1  1e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  29.55 
 
 
326 aa  49.3  2e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  37.33 
 
 
342 aa  49.3  2e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 
352 aa  48.1  5e-05  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  36 
 
 
318 aa  47.8  5e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  37.33 
 
 
338 aa  47.4  7e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  34.62 
 
 
209 aa  45.4  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  29.25 
 
 
355 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  30.11 
 
 
330 aa  45.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  35.58 
 
 
235 aa  45.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  32.97 
 
 
338 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  29.82 
 
 
355 aa  45.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  29.89 
 
 
314 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  31.46 
 
 
334 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  31.91 
 
 
345 aa  43.5  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  28.89 
 
 
334 aa  43.5  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  31.46 
 
 
327 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  25.96 
 
 
356 aa  42.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  33.33 
 
 
122 aa  42.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  26.09 
 
 
356 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  31.33 
 
 
324 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  37.29 
 
 
346 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  9.05775e-05 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  34.91 
 
 
236 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  31.86 
 
 
176 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1581  PA14 domain protein  22.22 
 
 
969 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  28.28 
 
 
367 aa  40.4  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  33.33 
 
 
183 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  28.57 
 
 
174 aa  40  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>