159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0308 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_0308  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
60 aa  117  6e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  unclonable  1.19887e-28 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0612  50S ribosomal protein L30  72.88 
 
 
61 aa  93.6  9e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0237089  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  75.44 
 
 
60 aa  92  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.01439e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0213  50S ribosomal protein L30  71.93 
 
 
60 aa  87  7e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  3.48111e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  58.93 
 
 
59 aa  64.3  6e-10  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  57.14 
 
 
60 aa  63.5  9e-10  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
59 aa  60.1  1e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  54.55 
 
 
59 aa  60.1  1e-08  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
60 aa  59.3  2e-08  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  53.57 
 
 
60 aa  58.5  3e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  8.66459e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  50.88 
 
 
59 aa  57.4  7e-08  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  52.73 
 
 
59 aa  57.4  7e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  44.83 
 
 
62 aa  57.4  7e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2383  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 
59 aa  56.6  1e-07  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000813224  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0865  50S ribosomal protein L30P  50.94 
 
 
59 aa  55.1  4e-07  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.012953  hitchhiker  0.0056399 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2442  50S ribosomal protein L30P  43.1 
 
 
60 aa  54.7  5e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.96892 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1725  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 
61 aa  53.9  7e-07  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  6.57277e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1833  50S ribosomal protein L30  45.28 
 
 
63 aa  53.9  7e-07  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  53.1  1e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 
59 aa  52.4  2e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.0093e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0507  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
59 aa  51.6  3e-06  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0161189  hitchhiker  0.00326303 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0129  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
62 aa  52  3e-06  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.64876  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  42.86 
 
 
63 aa  52  3e-06  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0502  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
59 aa  52  3e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000181767  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 
59 aa  51.6  4e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 
61 aa  51.2  5e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  1.28267e-05  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0387  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
61 aa  51.2  5e-06  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0412  50S ribosomal protein L30  50.91 
 
 
61 aa  51.2  5e-06  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  43.86 
 
 
60 aa  50.8  6e-06  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0269  ribosomal protein L30  41.38 
 
 
60 aa  50.8  7e-06  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  42.11 
 
 
60 aa  50.4  8e-06  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 
62 aa  50.4  8e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.87774e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0097  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
56 aa  49.7  1e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.108985 
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 
60 aa  50.1  1e-05  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0307  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 
66 aa  49.7  1e-05  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0473987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  43.64 
 
 
61 aa  49.7  1e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 
62 aa  50.1  1e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  40.35 
 
 
66 aa  48.9  2e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0840  50S ribosomal protein L30  40 
 
 
62 aa  48.9  2e-05  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0199  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 
61 aa  49.3  2e-05  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.166144  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  44.44 
 
 
58 aa  48.9  2e-05  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  7.5211e-08 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
58 aa  48.9  2e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.99402e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  45.45 
 
 
60 aa  49.3  2e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.91615e-05  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
60 aa  48.9  2e-05  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  3.2367e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
58 aa  48.9  2e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4932  ribosomal protein L30  42.11 
 
 
62 aa  48.9  2e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0130019  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  36.21 
 
 
62 aa  49.3  2e-05  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 
61 aa  48.5  3e-05  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0726  ribosomal protein L30  45.1 
 
 
57 aa  48.5  3e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0489347  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  41.07 
 
 
60 aa  48.9  3e-05  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.19229e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  38.6 
 
 
60 aa  48.5  3e-05  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2756  ribosomal protein L30  43.4 
 
 
56 aa  48.5  3e-05  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.133324  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  43.64 
 
 
58 aa  48.9  3e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  8.60316e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  2.11905e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  4.62232e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.37518e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5769  ribosomal protein L30  41.07 
 
 
59 aa  48.1  4e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845625 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.814e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  48.1  4e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  40 
 
 
60 aa  47.8  5e-05  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0338  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
59 aa  47.8  5e-05  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00211446  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
60 aa  47.8  5e-05  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  1.38401e-09  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09820  LSU ribosomal protein L30P  38.18 
 
 
63 aa  47.8  6e-05  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0340252  hitchhiker  1.67701e-05 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  41.07 
 
 
59 aa  47.8  6e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  8.36724e-05  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1747  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 
56 aa  47  8e-05  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.652105  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0444  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 
59 aa  47.4  8e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.47564e-07  hitchhiker  9.3478e-05 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 
60 aa  47  9e-05  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2405  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 
61 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137776  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0273  50S ribosomal protein L30  42.37 
 
 
59 aa  46.6  0.0001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0832356  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0502  50S ribosomal protein L30  44.44 
 
 
58 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  1.22641e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  43.1 
 
 
61 aa  46.2  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  4.49635e-09  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0355  50S ribosomal protein L30  38.18 
 
 
63 aa  47  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.6194e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1836  50S ribosomal protein L30  38.18 
 
 
63 aa  47  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.279591  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  36.84 
 
 
60 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0505  50S ribosomal protein L30  44.44 
 
 
58 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113735  normal  0.0573997 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  39.66 
 
 
62 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0472  50S ribosomal protein L30  44.44 
 
 
58 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291193  hitchhiker  2.69713e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  44.44 
 
 
60 aa  46.6  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.58011e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  41.07 
 
 
75 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  6.50866e-05 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  37.5 
 
 
78 aa  45.4  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2839  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 
59 aa  45.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  42.11 
 
 
60 aa  46.2  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  43.86 
 
 
61 aa  45.8  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  2.5708e-07  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  43.4 
 
 
65 aa  45.4  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  40 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  1.07725e-06  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0698  ribosomal protein L30  43.4 
 
 
58 aa  45.8  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.298561  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  35.71 
 
 
63 aa  45.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4731  50S ribosomal protein L30  42.59 
 
 
58 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000152085  normal  0.600234 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1556  ribosomal protein L30  40.35 
 
 
60 aa  45.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000500993  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3006  50S ribosomal protein L30  43.14 
 
 
65 aa  45.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.319275  hitchhiker  0.00803225 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2306  50S ribosomal protein L30  39.29 
 
 
62 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  39.66 
 
 
60 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  42.86 
 
 
61 aa  45.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  40.35 
 
 
60 aa  44.7  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1364  ribosomal protein L30  42.59 
 
 
58 aa  45.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000295854  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  40 
 
 
60 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.99433e-10  hitchhiker  9.56055e-10 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  40 
 
 
60 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  1.26926e-11 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>