More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3678 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 128 aa  256  7e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  82.86 
 
 		 134 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  81.9 
 
 		 134 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  78.12 
 
 		 118 aa  164  4e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  66.96 
 
 		 117 aa  149  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  67.65 
 
 		 122 aa  144  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  64.81 
 
 		 129 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  43.75 
 
 		 147 aa  96.3  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  42.72 
 
 		 104 aa  89.7  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  44.21 
 
 		 115 aa  89.4  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  33.91 
 
 		 128 aa  84.3  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  39.8 
 
 		 102 aa  84.3  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  34.68 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  35.04 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  35.04 
 
 		 125 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  36.21 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  36.21 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  38.95 
 
 		 95 aa  80.1  0.000000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1998  30S ribosomal protein S6  40.59 
 
 		 139 aa  80.1  0.000000000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  41.3 
 
 		 95 aa  80.1  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0951  30S ribosomal protein S6  40.65 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.77513  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  42.53 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  79.3  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1213  30S ribosomal protein S6  40.59 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.58007  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0241  30S ribosomal protein S6  38.61 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  37.4 
 
 		 131 aa  79.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  32.26 
 
 		 125 aa  79  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  36.08 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  33.61 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1585  30S ribosomal protein S6  39.6 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  34.19 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 132 aa  78.6  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  43.62 
 
 		 95 aa  78.2  0.00000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  38.95 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 130 aa  78.2  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  38.95 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 120 aa  78.2  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0653  30S ribosomal protein S6  40.59 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1088  30S ribosomal protein S6  40.59 
 
 		 125 aa  77.8  0.00000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  40 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  36.54 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  38.54 
 
 		 97 aa  77.8  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  36.73 
 
 		 98 aa  77.8  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  36.59 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  33.05 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  41.38 
 
 		 122 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4537  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287316  normal  0.325201 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  32.81 
 
 		 137 aa  77.4  0.00000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  32.77 
 
 		 124 aa  76.6  0.00000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  32.81 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  37.84 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  36.21 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 131 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  32.77 
 
 		 122 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  42.05 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  42.05 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  36.04 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  40.43 
 
 		 94 aa  75.9  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0923  ribosomal protein S6  36.94 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.46862  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  32.17 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  36.04 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  36.04 
 
 		 130 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  36.84 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  36.84 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0713  30S ribosomal protein S6  36.04 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>