More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0083 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0083  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 
313 aa  595  1e-169  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28400  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  48.11 
 
 
320 aa  238  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6062  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  51.96 
 
 
310 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  40.89 
 
 
311 aa  209  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  40.89 
 
 
311 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  40.89 
 
 
311 aa  207  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  40.58 
 
 
311 aa  207  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  40.58 
 
 
311 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  40.58 
 
 
311 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  40.58 
 
 
311 aa  206  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  40.58 
 
 
311 aa  206  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  40.58 
 
 
311 aa  206  3e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  40.95 
 
 
313 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  40.58 
 
 
311 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  40.26 
 
 
311 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  39.94 
 
 
311 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  40.26 
 
 
311 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  40.58 
 
 
311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  39.48 
 
 
310 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1120  ribonucleoside hydrolase 1  40.63 
 
 
312 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  40.78 
 
 
318 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  40.78 
 
 
318 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0102  ribonucleoside hydrolase RihC  38.14 
 
 
302 aa  191  1e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000159714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  40.78 
 
 
318 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  38.51 
 
 
322 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  38.59 
 
 
310 aa  189  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  35.74 
 
 
314 aa  187  3e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1049  ribonucleoside hydrolase 1  38.85 
 
 
312 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0058  ribonucleoside hydrolase RihC  42.96 
 
 
306 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3178  ribonucleoside hydrolase 1  40.2 
 
 
318 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0028  ribonucleoside hydrolase RihC  42.37 
 
 
304 aa  185  7e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  42.61 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.594312  normal  0.222927 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  42.61 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.696065 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.03 
 
 
313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0017  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.1 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0055  ribonucleoside hydrolase RihC  42.61 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0797  ribonucleoside hydrolase RihC  36.33 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0129973  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  42.59 
 
 
313 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.04 
 
 
335 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0811  ribonucleoside hydrolase 1  39.23 
 
 
318 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.13 
 
 
323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0940  ribonucleoside hydrolase 1  38.91 
 
 
311 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.019412  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0697  ribonucleoside hydrolase 1  38.39 
 
 
335 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0672  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.91 
 
 
306 aa  181  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.13 
 
 
313 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3240  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.32 
 
 
302 aa  179  4e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.206902  normal  0.22308 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0552  ribonucleoside hydrolase RihC  42.18 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  39.81 
 
 
313 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0032  ribonucleoside hydrolase RihC  42.37 
 
 
304 aa  178  8e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.03 
 
 
304 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0057  ribonucleoside hydrolase RihC  42.27 
 
 
306 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.342327  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0034  ribonucleoside hydrolase RihC  42.37 
 
 
304 aa  178  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00034  ribonucleoside hydrolase 3  42.27 
 
 
304 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00939814  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.13 
 
 
341 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.45 
 
 
341 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0030  ribonucleoside hydrolase RihC  42.37 
 
 
304 aa  177  2e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.719928  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00033  hypothetical protein  42.27 
 
 
303 aa  177  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00634591  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0032  ribonucleoside hydrolase RihC  42.27 
 
 
304 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  38.64 
 
 
309 aa  176  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1819  ribonucleoside hydrolase RihC  37.63 
 
 
306 aa  175  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0154  ribonucleoside hydrolase RihC  36.84 
 
 
296 aa  175  9e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  39.05 
 
 
315 aa  175  9e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  39.1 
 
 
332 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.38 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3486  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.71 
 
 
333 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  39.1 
 
 
332 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3770  ribonucleoside hydrolase 1  39.03 
 
 
318 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0642  ribonucleoside hydrolase RihC  35.99 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  39.87 
 
 
329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0660  ribonucleoside hydrolase 1  38.19 
 
 
318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2460  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40 
 
 
322 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237882  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  39.87 
 
 
350 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0017  Ribosylpyrimidine nucleosidase  35.81 
 
 
317 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3647  ribonucleoside hydrolase 1  38.19 
 
 
318 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410931  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.46 
 
 
342 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.14 
 
 
311 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3579  ribonucleoside hydrolase 1  38.19 
 
 
318 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3230  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.68 
 
 
333 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618451 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1461  inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  34.54 
 
 
303 aa  171  2e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0344  ribonucleoside hydrolase RihC  36.03 
 
 
315 aa  171  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0651  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.92 
 
 
321 aa  170  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1840  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.24 
 
 
314 aa  170  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94695  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  35.24 
 
 
312 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0832  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.38 
 
 
313 aa  169  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.25 
 
 
313 aa  168  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  36.25 
 
 
313 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  36.25 
 
 
313 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1901  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.06 
 
 
316 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  40.65 
 
 
316 aa  167  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  35.92 
 
 
313 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  35.6 
 
 
313 aa  166  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  35.6 
 
 
313 aa  166  4e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.86 
 
 
311 aa  166  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.83 
 
 
318 aa  165  8e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  33.12 
 
 
310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  35.28 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  35.28 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3659  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.75 
 
 
313 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.121445  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1442  Ribosylpyrimidine nucleosidase  36 
 
 
316 aa  162  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.792363  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1927  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.75 
 
 
321 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.908964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>