More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2604 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2604  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 246 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  75.76 
 
 		 235 aa  348  4e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2437  two component transcriptional regulator  74.67 
 
 		 233 aa  323  1e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.68 
 
 		 235 aa  315  5e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  68.33 
 
 		 235 aa  311  5.999999999999999e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3226  two component transcriptional regulator, winged helix family  64.78 
 
 		 232 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.661673  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2484  DNA-binding response regulator KdpE  71.68 
 
 		 234 aa  280  2e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.470327  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  52.4 
 
 		 231 aa  242  5e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  53.85 
 
 		 228 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  229  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  51.58 
 
 		 234 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  51.58 
 
 		 232 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  51.58 
 
 		 234 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  51.58 
 
 		 234 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  51.58 
 
 		 232 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  51.58 
 
 		 234 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  51.58 
 
 		 234 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  51.13 
 
 		 234 aa  228  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 232 aa  228  6e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 232 aa  228  6e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.45 
 
 		 232 aa  227  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.22 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.22 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.22 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  52.04 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.78 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  49.33 
 
 		 225 aa  225  6e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 232 aa  225  6e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  49.33 
 
 		 225 aa  225  6e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 232 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.78 
 
 		 225 aa  224  7e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.33 
 
 		 225 aa  224  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  54.5 
 
 		 233 aa  223  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.43 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.43 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.98 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 232 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.98 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  50.23 
 
 		 230 aa  219  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  48.44 
 
 		 231 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  47.16 
 
 		 235 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  49.77 
 
 		 230 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.53 
 
 		 225 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.58 
 
 		 229 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  52.23 
 
 		 231 aa  216  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  48.02 
 
 		 230 aa  216  2.9999999999999998e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.09 
 
 		 231 aa  215  4e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.9 
 
 		 231 aa  214  7e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.77 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 230 aa  212  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.89 
 
 		 230 aa  211  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 230 aa  209  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  48.43 
 
 		 232 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 231 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 231 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 231 aa  208  6e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2842  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 		 235 aa  207  8e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  48.64 
 
 		 231 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  47.98 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 241 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 240 aa  207  2e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  47.3 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  45.29 
 
 		 230 aa  205  5e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 234 aa  204  9e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0742  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 245 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  47.53 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.64 
 
 		 234 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.36 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1214  DNA-binding response regulator KdpE  46.7 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000130813  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 228 aa  203  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.34 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.34 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.36 
 
 		 229 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  47.34 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0772  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 		 229 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.65 
 
 		 232 aa  202  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5920  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 247 aa  201  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3780  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 233 aa  201  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0828  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.11 
 
 		 232 aa  201  8e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.159677 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  45.29 
 
 		 231 aa  201  8e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 231 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.7 
 
 		 226 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 240 aa  199  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1017  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 		 229 aa  199  3.9999999999999996e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957911  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3288  two component transcriptional regulator  43.2 
 
 		 272 aa  199  5e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.02 
 
 		 248 aa  198  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2822  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.67 
 
 		 230 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  44.39 
 
 		 227 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  44.84 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>