More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3288 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3288  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  536  1e-151  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4329  two component transcriptional regulator  66.94 
 
 		 236 aa  311  9e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.077082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.8 
 
 		 225 aa  276  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  56 
 
 		 224 aa  268  8.999999999999999e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3804  response regulator receiver protein  54.98 
 
 		 222 aa  261  6e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0687952  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.42 
 
 		 229 aa  257  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.57 
 
 		 226 aa  252  5.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  52.4 
 
 		 224 aa  247  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2021  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.59 
 
 		 236 aa  244  6.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.48021  normal  0.282737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6795  two component transcriptional regulator, winged helix family  52 
 
 		 233 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.510223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0437  response regulator receiver protein  53.78 
 
 		 222 aa  242  3.9999999999999997e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  50.8 
 
 		 231 aa  241  7.999999999999999e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.23 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  50.4 
 
 		 230 aa  239  5e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.79 
 
 		 240 aa  235  6e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1436  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.8 
 
 		 374 aa  232  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.235107  normal  0.196067 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  51 
 
 		 240 aa  231  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  48.21 
 
 		 226 aa  229  3e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6788  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.36 
 
 		 230 aa  229  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.241896 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3284  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 		 232 aa  229  5e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0682203  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.61 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.8 
 
 		 224 aa  228  1e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  49.41 
 
 		 226 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  49.41 
 
 		 226 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  49.41 
 
 		 226 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1879  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  222  4.9999999999999996e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0517799  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.43 
 
 		 232 aa  206  4e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3551  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.375493 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  44 
 
 		 226 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  45.6 
 
 		 231 aa  202  7e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1633  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.75 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27020  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  48.4 
 
 		 233 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.357837 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.57 
 
 		 230 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0509  two component transcriptional regulator  43.6 
 
 		 232 aa  198  7e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.163629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.43 
 
 		 225 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.55 
 
 		 226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.82 
 
 		 225 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.31 
 
 		 232 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.32 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.2 
 
 		 229 aa  196  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 231 aa  196  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.32 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.43 
 
 		 225 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.43 
 
 		 225 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.43 
 
 		 225 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  44.67 
 
 		 235 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  44.31 
 
 		 232 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.11 
 
 		 209 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.11 
 
 		 209 aa  195  6e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.11 
 
 		 209 aa  195  6e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2842  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.78 
 
 		 235 aa  195  7e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  45.34 
 
 		 234 aa  194  9e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.03 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  45.75 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  45.75 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  45.75 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  45.75 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  45.75 
 
 		 232 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  45.75 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  45.75 
 
 		 234 aa  194  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  44.4 
 
 		 225 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.4 
 
 		 225 aa  194  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  42.04 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  43.32 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  44.4 
 
 		 225 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  44.4 
 
 		 225 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 		 227 aa  193  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  44.4 
 
 		 225 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  43.27 
 
 		 230 aa  192  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.51 
 
 		 231 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  42.45 
 
 		 241 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  41.6 
 
 		 229 aa  192  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  44 
 
 		 225 aa  192  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  43.2 
 
 		 235 aa  192  6e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.37 
 
 		 225 aa  192  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2604  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.6 
 
 		 246 aa  191  9e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 232 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  43.25 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 231 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 231 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  42.45 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  42.45 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.97 
 
 		 225 aa  189  4e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  43.37 
 
 		 225 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  40.82 
 
 		 231 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  42.51 
 
 		 231 aa  189  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  40.4 
 
 		 230 aa  188  5.999999999999999e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  44.31 
 
 		 234 aa  188  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  43.09 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  42.06 
 
 		 244 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  44.13 
 
 		 233 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  42.28 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  42.28 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  42.28 
 
 		 232 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  43.03 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  42.11 
 
 		 228 aa  186  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 232 aa  185  7e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  42.68 
 
 		 232 aa  185  9e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>