More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1728 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1728  initiation factor 3  100 
 
 		 149 aa  306  5.9999999999999995e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00351932  hitchhiker  0.00163995 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  93.96 
 
 		 205 aa  291  2e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  82.43 
 
 		 227 aa  251  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  82.96 
 
 		 199 aa  241  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  84.33 
 
 		 222 aa  241  3e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  81.16 
 
 		 168 aa  238  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3542  initiation factor 3  78.99 
 
 		 175 aa  238  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.407448  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  82.96 
 
 		 177 aa  237  2.9999999999999997e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  83.7 
 
 		 182 aa  238  2.9999999999999997e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  78.26 
 
 		 238 aa  236  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  78.26 
 
 		 238 aa  236  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  78.26 
 
 		 238 aa  236  8e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  77.54 
 
 		 243 aa  235  1e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  82.96 
 
 		 250 aa  234  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  82.09 
 
 		 239 aa  234  3e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  78.99 
 
 		 196 aa  234  3e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  82.09 
 
 		 204 aa  234  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  77.54 
 
 		 201 aa  233  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  82.96 
 
 		 225 aa  233  6e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  78.52 
 
 		 243 aa  232  1.0000000000000001e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  79.71 
 
 		 204 aa  231  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  77.46 
 
 		 182 aa  230  4.0000000000000004e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  75.68 
 
 		 179 aa  228  1e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  78.52 
 
 		 212 aa  228  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1624  translation initiation factor IF-3  72.54 
 
 		 415 aa  225  1e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.640548 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  76.87 
 
 		 277 aa  224  3e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  75.56 
 
 		 351 aa  220  4e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  74.81 
 
 		 329 aa  219  7e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1103  translation initiation factor IF-3  76.3 
 
 		 233 aa  219  9.999999999999999e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0433779  normal  0.928932 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  78.03 
 
 		 195 aa  217  5e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2385  translation initiation factor IF-3  74.07 
 
 		 192 aa  216  7e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.157849  normal  0.289584 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  69.63 
 
 		 396 aa  203  6e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  69.63 
 
 		 356 aa  202  1e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000187235 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  69.92 
 
 		 401 aa  202  1e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21910  translation initiation factor 3  66.67 
 
 		 208 aa  196  9e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.559617  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  60.65 
 
 		 175 aa  191  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0232  translation initiation factor 3  62.32 
 
 		 211 aa  180  6e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.627991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  56.88 
 
 		 357 aa  179  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  62.6 
 
 		 207 aa  178  2e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  60.87 
 
 		 253 aa  177  4e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  61.03 
 
 		 165 aa  175  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  61.36 
 
 		 198 aa  174  4e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  57.62 
 
 		 193 aa  172  9.999999999999999e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  58.65 
 
 		 197 aa  171  2.9999999999999996e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  57.89 
 
 		 154 aa  168  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0766  translation initiation factor IF-3  55.94 
 
 		 181 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  57.89 
 
 		 145 aa  163  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  51.75 
 
 		 249 aa  160  7e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  54.89 
 
 		 164 aa  159  9e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  56.39 
 
 		 174 aa  158  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  53.96 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  54.41 
 
 		 187 aa  157  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  57.46 
 
 		 198 aa  157  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 		 146 aa  157  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  51.13 
 
 		 143 aa  156  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 178 aa  155  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 178 aa  155  1e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  52.63 
 
 		 137 aa  154  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  51.13 
 
 		 179 aa  154  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  54.07 
 
 		 178 aa  153  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  52.63 
 
 		 174 aa  154  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  56.39 
 
 		 192 aa  154  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  53.38 
 
 		 134 aa  153  7e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  53.38 
 
 		 134 aa  153  7e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  53.38 
 
 		 173 aa  153  8e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  53.33 
 
 		 155 aa  153  8e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  51.91 
 
 		 154 aa  153  9e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 173 aa  152  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  53.44 
 
 		 178 aa  152  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 		 202 aa  152  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  51.13 
 
 		 173 aa  152  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  52.63 
 
 		 172 aa  151  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 		 219 aa  151  2.9999999999999998e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  54.07 
 
 		 194 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  51.47 
 
 		 153 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  53.38 
 
 		 175 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  54.07 
 
 		 194 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 156 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 		 151 aa  150  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  47.65 
 
 		 238 aa  151  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 194 aa  150  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  51.82 
 
 		 184 aa  150  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  56.15 
 
 		 173 aa  150  5.9999999999999996e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  51.11 
 
 		 173 aa  150  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 		 184 aa  150  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  50.38 
 
 		 176 aa  149  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  52.59 
 
 		 156 aa  149  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 		 178 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1991  translation initiation factor IF-3  54.35 
 
 		 138 aa  149  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.386988  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  51.85 
 
 		 156 aa  149  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  51.13 
 
 		 192 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  50.38 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 		 156 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  53.62 
 
 		 173 aa  148  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>