More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1991 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1991  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 138 aa  278  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.386988  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  98.55 
 
 		 173 aa  276  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  80.88 
 
 		 143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2627  translation initiation factor IF-3  86.23 
 
 		 138 aa  224  4e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350049  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  77.94 
 
 		 172 aa  221  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  73.13 
 
 		 154 aa  216  7e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1870  translation initiation factor IF-3  80.45 
 
 		 157 aa  192  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000408645  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  59.42 
 
 		 238 aa  176  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  61.07 
 
 		 177 aa  171  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  60.31 
 
 		 174 aa  170  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  57.89 
 
 		 197 aa  170  6.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1419  translation initiation factor IF-3  58.65 
 
 		 146 aa  170  7.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288109  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  55.8 
 
 		 225 aa  169  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  59.54 
 
 		 198 aa  167  6e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  58.21 
 
 		 145 aa  166  7e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  57.25 
 
 		 173 aa  166  9e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  57.46 
 
 		 171 aa  166  1e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 219 aa  165  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  58.02 
 
 		 179 aa  164  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  56.49 
 
 		 207 aa  164  2.9999999999999998e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  55.88 
 
 		 173 aa  164  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  54.48 
 
 		 156 aa  163  9e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  57.46 
 
 		 156 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  58.33 
 
 		 173 aa  162  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2676  translation initiation factor 3  57.25 
 
 		 137 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.233816 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  57.89 
 
 		 155 aa  161  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3043  initiation factor 3  57.04 
 
 		 139 aa  161  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000731556  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2032  translation initiation factor IF-3  56.72 
 
 		 134 aa  161  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2117  translation initiation factor IF-3  56.72 
 
 		 134 aa  161  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 		 194 aa  160  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  55.97 
 
 		 164 aa  160  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  56.72 
 
 		 156 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2002  translation initiation factor 3  55.07 
 
 		 153 aa  159  9e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0112753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  53.73 
 
 		 174 aa  159  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  55.88 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1763  translation initiation factor 3  54.14 
 
 		 137 aa  159  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  55.73 
 
 		 173 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  55.73 
 
 		 178 aa  158  2e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1728  initiation factor 3  54.35 
 
 		 149 aa  159  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00351932  hitchhiker  0.00163995 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  54.41 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  52.71 
 
 		 173 aa  158  2e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  55.97 
 
 		 156 aa  159  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 172 aa  157  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  55.97 
 
 		 178 aa  158  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  55.73 
 
 		 178 aa  158  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  52.99 
 
 		 182 aa  158  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2098  translation initiation factor IF-3  52.55 
 
 		 147 aa  157  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2242  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 166 aa  157  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000466118  hitchhiker  0.00531509 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 		 194 aa  157  4e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  55.22 
 
 		 184 aa  157  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 		 194 aa  157  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  56.69 
 
 		 190 aa  157  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  53.68 
 
 		 159 aa  157  5e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  55.97 
 
 		 192 aa  157  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2019  translation initiation factor IF-3  52.55 
 
 		 147 aa  157  5e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  58.02 
 
 		 175 aa  157  5e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  54.48 
 
 		 178 aa  157  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4616  translation initiation factor 3  55.64 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00507113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1400  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0821028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0994  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1360  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.485624  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1453  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0525841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1476  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  157  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348442  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  55.8 
 
 		 169 aa  156  8e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  52.99 
 
 		 173 aa  156  9e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  61.31 
 
 		 233 aa  155  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1778  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  156  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.843423 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  51.49 
 
 		 175 aa  156  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  51.47 
 
 		 252 aa  156  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  55.64 
 
 		 156 aa  155  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  54.41 
 
 		 173 aa  155  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  52.99 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  61.31 
 
 		 232 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  61.31 
 
 		 230 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  52.9 
 
 		 205 aa  155  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  55.97 
 
 		 154 aa  155  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  54.89 
 
 		 219 aa  155  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  52.99 
 
 		 173 aa  155  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 		 192 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  51.49 
 
 		 176 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0200  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 		 151 aa  154  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  51.49 
 
 		 202 aa  154  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  51.47 
 
 		 173 aa  154  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0767  translation initiation factor 3  55.56 
 
 		 146 aa  155  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  51.09 
 
 		 180 aa  153  6e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  55.3 
 
 		 181 aa  153  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  50.75 
 
 		 173 aa  153  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3483  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 		 132 aa  153  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  61.48 
 
 		 229 aa  153  8e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  51.49 
 
 		 173 aa  153  8e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  51.49 
 
 		 154 aa  153  8e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  52.24 
 
 		 173 aa  153  9e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  51.49 
 
 		 190 aa  153  9e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>