253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0079 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0079  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  100 
 
 
278 aa  547  1e-155  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7230  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  58.89 
 
 
254 aa  288  6e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.714905 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8786  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  55.4 
 
 
231 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.829271 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1006  Pyridoxal 5'-phosphate synthase  58.42 
 
 
217 aa  226  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.753078  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0835  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.24 
 
 
239 aa  223  2e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0424  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  56 
 
 
261 aa  223  3e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.97035 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0512  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.93 
 
 
221 aa  222  7e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.32246  hitchhiker  0.00235645 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0521  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.31 
 
 
214 aa  218  1e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  hitchhiker  0.00802215 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0248  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.09 
 
 
221 aa  214  2e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0155  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.73 
 
 
211 aa  207  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.923059  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0116  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.77 
 
 
224 aa  201  8e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  54.15 
 
 
217 aa  201  9e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.33 
 
 
265 aa  201  9e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  9.6585e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1262  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49 
 
 
212 aa  200  2e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2494  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00659427  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0659  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0194138  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2893  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.28 
 
 
213 aa  198  6e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0359  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.0016328  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0107  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  2.3808e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1061  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.040983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0904  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0158513  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0901  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.24 
 
 
214 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.901665  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1067  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.81 
 
 
211 aa  197  2e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33810  Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.66 
 
 
222 aa  197  2e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0423  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.76 
 
 
211 aa  196  4e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.190408  normal  0.079885 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29241  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.6 
 
 
222 aa  196  4e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2372  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  53.05 
 
 
229 aa  195  7e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0186  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.22 
 
 
213 aa  193  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.626116  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0557  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.26 
 
 
214 aa  192  5e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.365319  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2487  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
214 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0514  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.77 
 
 
212 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.439872  normal  0.298122 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0728  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.76 
 
 
214 aa  191  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2616  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.25 
 
 
214 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3221  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.27 
 
 
213 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0110352  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0501  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.34 
 
 
219 aa  189  4e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.713999  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.87 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.414052  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2568  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.87 
 
 
214 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2592  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.87 
 
 
214 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.984906 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1850  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.12 
 
 
214 aa  186  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.239685  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0741  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.27 
 
 
213 aa  186  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.643542  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0957  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.24 
 
 
212 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0930  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.24 
 
 
212 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4168  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.54 
 
 
217 aa  186  5e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0831  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  52.83 
 
 
218 aa  184  1e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.328112  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5900  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.73 
 
 
214 aa  182  4e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.42 
 
 
212 aa  182  4e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410968  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4707  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.52 
 
 
225 aa  182  7e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2931  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.5 
 
 
224 aa  181  8e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1509  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.98 
 
 
214 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.01004e-05 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0815  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.02 
 
 
212 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.554957  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2922  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  51.52 
 
 
211 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.969034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0767  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.73 
 
 
212 aa  180  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127871 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1243  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.49 
 
 
213 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0527508 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01070  pyridoxamine-phosphate oxidase, putative  44 
 
 
268 aa  178  1e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1772  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.12 
 
 
217 aa  177  2e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.382068  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11923  Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.85 
 
 
213 aa  177  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.227321  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1481  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.13 
 
 
217 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.185446  normal  0.265561 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2555  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.65 
 
 
217 aa  177  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.185253  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2218  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.77 
 
 
217 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000558719 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1880  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.65 
 
 
240 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0717  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.53 
 
 
212 aa  175  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.170701 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1895  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.97 
 
 
217 aa  175  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.85169  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0787  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.47 
 
 
212 aa  174  1e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.222265 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2378  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.92 
 
 
227 aa  174  1e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3586  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.83 
 
 
215 aa  174  1e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.63325  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4286  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.15 
 
 
215 aa  173  3e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0332  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.77 
 
 
211 aa  172  4e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.207205 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2662  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.19 
 
 
227 aa  172  4e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0604494  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1053  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.86 
 
 
217 aa  173  4e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0849  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.27 
 
 
206 aa  172  5e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.732327  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2642  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.7 
 
 
212 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3713  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.49 
 
 
226 aa  172  7e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589399  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1561  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.66 
 
 
218 aa  171  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3597  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.23 
 
 
223 aa  171  1e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.155878 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01608  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.66 
 
 
218 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1991  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.66 
 
 
218 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0105907 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01598  hypothetical protein  42.66 
 
 
218 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2002  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.66 
 
 
218 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000269962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1714  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.66 
 
 
218 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.243328  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1150  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  49.43 
 
 
215 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.343525  normal  0.105039 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4533  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  50.28 
 
 
202 aa  170  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.387891  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0443  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.39 
 
 
218 aa  171  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.732477  normal  0.141335 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2350  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.2 
 
 
218 aa  170  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0623202  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2888  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.34 
 
 
210 aa  170  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.877962  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1848  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.66 
 
 
218 aa  170  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.20957e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1775  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.62 
 
 
215 aa  169  3e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1693  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.28 
 
 
233 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0861149  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1129  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.3 
 
 
215 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425892 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1830  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  42.2 
 
 
218 aa  169  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3559  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.27 
 
 
239 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.41957 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1165  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  48.3 
 
 
215 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02996  pyridoxine 5-phosphate oxidase  44.16 
 
 
212 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.548346  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1726  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  40.93 
 
 
232 aa  169  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.230905  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1622  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.75 
 
 
218 aa  168  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.13615  normal  0.054118 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1810  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  43.14 
 
 
218 aa  167  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00431301  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2989  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.18 
 
 
215 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.274237  normal  0.310077 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3944  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  46.94 
 
 
215 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.000793587  normal  0.125259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3853  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  47.73 
 
 
215 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0541085  normal  0.804089 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0663  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  45.54 
 
 
211 aa  167  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1618  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase  44.72 
 
 
218 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.401608  normal  0.71127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>