167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_R0028 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000319369  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0004  tRNA-Gly  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.298901  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0039  tRNA-Gly  92.65 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.453566  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_757  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0984996  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0024  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.854506  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0045  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.102714  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0055  tRNA-Gly  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000930206  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0065  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.109951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0015  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000158444  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0070  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0839  tRNA-Gly  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.343418  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0053  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0051  tRNA-Gly  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273247  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt07  tRNA-Thr  88 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14070  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0050  tRNA-Gly  84.06 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00165947  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0062  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.588176  normal  0.0646028 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  84.21 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0041  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.20409e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0051  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.223947  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0023  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0016  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0044  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.363029  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0040  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14032  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0028  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000469989  normal  0.0212427 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0026  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390133  normal  0.0221224 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0040  tRNA-Val  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00410606 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0024  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0024  tRNA-Ala  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0197077  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0259741  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000299273  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000174679  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0020  tRNA-Gly  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000165408  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0028  tRNA-Gly  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000313605  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000594127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>