More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0020 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.748277  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0023  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0017  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14032  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0016  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.363029  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0038  tRNA-Gly  98.63 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499148  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14880  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.67591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0041  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00225081  hitchhiker  0.00893878 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00820  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.193578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0004  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0027  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000425018 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0024  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0046  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0025  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.627551 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0028  tRNA-Gly  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0040  tRNA-Gly  98.33 
 
 		 75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0861757  normal  0.0439849 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0027  tRNA-Gly  96.77 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0040  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0053459  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0043  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00050261  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0043  tRNA-Gly  98.25 
 
 		 72 bp  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0622835 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0028  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0030  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0034  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.793072  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0031  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0044  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0028  tRNA-Gly  96.72 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0030  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.0533128 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0064  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0173961  normal  0.106433 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13850  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.15127  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13870  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0328341  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0041  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0179504  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0030  tRNA-Gly  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.554651 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0027  tRNA-Gly  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.012963  normal  0.0666996 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0038  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 75 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000504235 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0032  tRNA-Gly  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.520916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0035  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.0257466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0046  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0354159  normal  0.0175465 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16780  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.189854  normal  0.0581004 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0024  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0474961  hitchhiker  0.000422709 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0030  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00403555 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16750  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 72 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.190541  normal  0.0593144 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0018  tRNA-Gly  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.746026  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0039  tRNA-Gly  95.08 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.433295  normal  0.207379 
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0006  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.588385  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0037  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000985709  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0040  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000154862  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0042  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0070  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.361889  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0036  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0053  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000895644  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  95.92 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000588237  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  95.92 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0023  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.506131  normal  0.313927 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0020  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0370755  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0060  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635466  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0048  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07190  tRNA-Gly  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.886703 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0281  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000381106  hitchhiker  0.0000254958 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0062  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000167826  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0018  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0071  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00174778  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  97.62 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0612672  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0085  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0018  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0021  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.101366  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1578  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1613  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.610826 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0026  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0170  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0059  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336039  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0068  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00365529  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0030  tRNA-Gly  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5683  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0251422  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000299273  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000174679  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5030  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000514384  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0858  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5637  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116083  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0038  tRNA-Gly  90 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0139  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00889637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4573  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.110089 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0537  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.26138e-32 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>