More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3036 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
283 aa  586  1e-166  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  56.63 
 
 
461 aa  339  4e-92  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  55.36 
 
 
285 aa  334  1e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  54.77 
 
 
287 aa  318  5e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1133  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.02 
 
 
328 aa  293  2e-78  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.853451 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.93 
 
 
283 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
284 aa  251  1e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
284 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
284 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
284 aa  249  3e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.04 
 
 
284 aa  248  7e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.35 
 
 
285 aa  248  1e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.4 
 
 
284 aa  247  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.04 
 
 
284 aa  246  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.88 
 
 
284 aa  241  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.11 
 
 
246 aa  240  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.22 
 
 
281 aa  239  5e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.84 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.24 
 
 
279 aa  231  8.000000000000001e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.64 
 
 
288 aa  231  9e-60  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.49 
 
 
281 aa  228  1e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.16 
 
 
290 aa  225  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.13 
 
 
286 aa  224  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
296 aa  222  4e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.99 
 
 
284 aa  222  4e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.21 
 
 
291 aa  222  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.16 
 
 
294 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.58 
 
 
282 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.55 
 
 
291 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.35 
 
 
288 aa  219  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
292 aa  219  5e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.46 
 
 
291 aa  218  7e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.96 
 
 
288 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.42 
 
 
294 aa  218  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.59 
 
 
294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.18 
 
 
301 aa  215  8e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.09 
 
 
283 aa  214  9.999999999999999e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.83 
 
 
301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.57 
 
 
280 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.58 
 
 
287 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.07 
 
 
314 aa  212  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1396  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.8 
 
 
301 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.75 
 
 
276 aa  210  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.63 
 
 
286 aa  209  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
283 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.46 
 
 
285 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.65 
 
 
286 aa  207  1e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.56 
 
 
291 aa  207  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.41 
 
 
278 aa  207  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3934  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.67 
 
 
301 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.278537 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.89 
 
 
298 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.67 
 
 
294 aa  207  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
291 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  40.89 
 
 
294 aa  206  4e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.87 
 
 
283 aa  206  4e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.64 
 
 
281 aa  206  5e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  40.52 
 
 
294 aa  204  9e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.85 
 
 
294 aa  204  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.75 
 
 
293 aa  204  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39 
 
 
300 aa  203  2e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0627  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
287 aa  203  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.144272 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  41.81 
 
 
283 aa  203  2e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  39.46 
 
 
299 aa  203  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1080  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.13 
 
 
301 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.945649  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  39.46 
 
 
299 aa  203  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.44 
 
 
299 aa  202  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.44 
 
 
299 aa  202  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.44 
 
 
299 aa  202  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.76 
 
 
291 aa  202  6e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.77 
 
 
284 aa  202  7e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1561  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.96 
 
 
285 aa  201  8e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.93 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2718  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.46 
 
 
292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.19 
 
 
297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3053  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.46 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.64 
 
 
292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.0356517 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.44 
 
 
281 aa  199  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4811  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.24 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  39.02 
 
 
293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.51 
 
 
297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.77 
 
 
288 aa  199  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.68 
 
 
280 aa  198  7e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.71 
 
 
281 aa  198  9e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1271  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.93 
 
 
295 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231338  normal  0.224785 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.61 
 
 
296 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.36 
 
 
297 aa  195  6e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.68 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1699  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
280 aa  195  8.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0285308 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1213  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.33 
 
 
301 aa  193  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00296174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.97 
 
 
278 aa  194  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.49 
 
 
280 aa  194  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.68 
 
 
296 aa  193  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.62 
 
 
295 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.1 
 
 
290 aa  193  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2329  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.07 
 
 
299 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.124762 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2278  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.73 
 
 
299 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000104564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0840  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.52 
 
 
291 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.774562  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2221  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.73 
 
 
299 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.303713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>