More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2039 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_5682  cysteine desulfurase, SufS subfamily  58.37 
 
 
560 aa  660    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4655  SufS subfamily cysteine desulfurase  56.38 
 
 
644 aa  670    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00370812  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2039  cysteine desulfurase, SufS subfamily  100 
 
 
610 aa  1259    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1815  selenocysteine lyase  59.18 
 
 
665 aa  718    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.653401  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0617  SufS subfamily cysteine desulfurase  74.57 
 
 
621 aa  632  1e-180  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000358817  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0023  putative cysteine desulfurase  72.1 
 
 
661 aa  619  1e-176  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.493291 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2661  cysteine desulfurase  70.22 
 
 
626 aa  615  1e-175  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0591977  normal  0.463261 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1552  cysteine desulphurases, SufS  66.23 
 
 
682 aa  615  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3517  SufS subfamily cysteine desulfurase  64.85 
 
 
650 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4001  SufS subfamily cysteine desulfurase  72.39 
 
 
666 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.077192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  70.41 
 
 
604 aa  610  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2622  cysteine desulphurases, SufS  68.85 
 
 
666 aa  608  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  65.79 
 
 
688 aa  610  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  70.41 
 
 
604 aa  611  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1894  cysteine desulfurase, SufS subfamily  70.2 
 
 
630 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2493  SufS subfamily cysteine desulfurase  70.72 
 
 
605 aa  595  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0543  SufS subfamily cysteine desulfurase  63.48 
 
 
679 aa  594  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.266344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5792  SufS subfamily cysteine desulfurase  69.7 
 
 
641 aa  585  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0152868 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5203  cysteine desulfurase, SufS subfamily  69.36 
 
 
941 aa  580  1e-164  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  61.47 
 
 
662 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0488  cysteine desulfurase, SufS subfamily  64.45 
 
 
774 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  67.15 
 
 
657 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  68.75 
 
 
608 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.633954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  58.91 
 
 
678 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1232  SufS subfamily cysteine desulfurase  59.3 
 
 
629 aa  564  1.0000000000000001e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.153291  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1818  SufS family cysteine desulfurase  69.65 
 
 
660 aa  558  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.295345  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0933  putative cysteine desulfurase  70.15 
 
 
671 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0362  selenocysteine lyase  69.65 
 
 
685 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.556152  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0199  putative cysteine desulfurase  70.15 
 
 
660 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75031  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1407  putative cysteine desulfurase  70.15 
 
 
660 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1904  cysteine desulphurases, SufS  69.9 
 
 
660 aa  559  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.256271  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0448  putative cysteine desulfurase  70.15 
 
 
660 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1684  SufS subfamily cysteine desulfurase  62.41 
 
 
444 aa  531  1e-149  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1427  SufS subfamily cysteine desulfurase  60.59 
 
 
664 aa  495  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000769952 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  56.14 
 
 
673 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0186902 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  55.26 
 
 
420 aa  488  1e-136  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1338  cysteine desulfurase, SufS subfamily  60.5 
 
 
674 aa  485  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.986463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  60.5 
 
 
672 aa  484  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0228689 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.89 
 
 
408 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  56 
 
 
418 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3037  cysteine desulfurase, SufS subfamily  54.96 
 
 
404 aa  456  1e-127  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0138624 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  51.26 
 
 
419 aa  450  1e-125  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  51.72 
 
 
412 aa  446  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385676  unclonable  0.00000000000000152095 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.15 
 
 
404 aa  443  1e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.03 
 
 
451 aa  445  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  50.38 
 
 
425 aa  443  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  50.88 
 
 
414 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1236  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.33 
 
 
413 aa  435  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  51.26 
 
 
404 aa  434  1e-120  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0655  hypothetical protein  50.88 
 
 
414 aa  422  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0639  hypothetical protein  50.88 
 
 
414 aa  422  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.51 
 
 
414 aa  424  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1764  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  50.75 
 
 
406 aa  416  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000868369  hitchhiker  0.0000289207 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0699  SufS subfamily cysteine desulfurase  52.03 
 
 
419 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1863  SufS subfamily cysteine desulfurase  53.81 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3969  cysteine desulfurase  49.75 
 
 
415 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0413583  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.25 
 
 
429 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  48.99 
 
 
413 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.27 
 
 
427 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2570  cysteine desulfurase  48.51 
 
 
422 aa  414  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.75 
 
 
429 aa  415  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2325  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.24 
 
 
414 aa  412  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.553712  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  48.48 
 
 
405 aa  415  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  48.22 
 
 
405 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49 
 
 
429 aa  415  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2446  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
407 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0854402  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2745  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.75 
 
 
415 aa  415  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3352  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.04 
 
 
415 aa  409  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.143815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.5 
 
 
407 aa  412  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.87 
 
 
413 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1798  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0228411  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1486  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.199299  hitchhiker  0.000000000797081 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1698  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.25 
 
 
417 aa  412  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00263306  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1417  cysteine desulfurase  51.33 
 
 
417 aa  410  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2837  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.75 
 
 
415 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00234776  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2459  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.49 
 
 
415 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117109  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1505  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000304018 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.87 
 
 
413 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.75 
 
 
421 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0101  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.37 
 
 
414 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.724967 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01649  selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000238093  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  49.5 
 
 
406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  0.0000283455 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1962  cysteine desulfurase, SufS subfamily  50 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00108569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1761  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00014755  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1661  cysteine desulphurases, SufS  49.24 
 
 
414 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278494  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1951  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00128399  unclonable  0.0000000107568 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.75 
 
 
429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4460  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.25 
 
 
426 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.572328  normal  0.26876 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1516  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000472284  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2990  SufS subfamily cysteine desulfurase  47.36 
 
 
428 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.104458 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1969  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.5 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0908482  hitchhiker  0.0000000737026 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1470  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.244975  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01639  hypothetical protein  49.75 
 
 
406 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000164024  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.87 
 
 
417 aa  406  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1881  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.75 
 
 
406 aa  404  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000647321  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04465  selenocysteine lyase  48.99 
 
 
412 aa  402  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2394  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  49.5 
 
 
406 aa  404  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0201879  hitchhiker  0.000057861 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0429  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.12 
 
 
419 aa  402  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  50.38 
 
 
425 aa  405  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0418  cysteine desulfurase, SufS subfamily  49.12 
 
 
419 aa  401  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>