177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1123 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1123  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  100 
 
 		 109 aa  223  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000109926  normal  0.590059 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2505  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.06 
 
 		 103 aa  93.2  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000574166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0571  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2499  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.94 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0881387  normal  0.214118 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6998  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  45.45 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337811  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3818  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48.28 
 
 		 94 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00442118  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2889  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  51.85 
 
 		 104 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.955801  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3836  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  45.54 
 
 		 96 aa  79  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1291  XRE family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2571  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  46.43 
 
 		 109 aa  71.6  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3008  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 		 104 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3241  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0714927  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0697  XRE family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 101 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0372  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0089  DNA-binding protein, putative  40.74 
 
 		 105 aa  67  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.993479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0091  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.74 
 
 		 105 aa  67  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0437  plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 		 95 aa  66.6  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.494996  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1455  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  45 
 
 		 100 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.077029  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1633  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  37.5 
 
 		 105 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0899701  normal  0.785699 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01435  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.69 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1585  antidote protein, putative  43.37 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.315858 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01447  hypothetical protein  34.69 
 
 		 120 aa  65.5  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.753022  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1633  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  33.67 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.110422  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4192  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  43.37 
 
 		 99 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2319  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  50 
 
 		 72 aa  64.7  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5380  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.29 
 
 		 94 aa  64.7  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.031339  hitchhiker  0.000847786 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2170  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  34.38 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.266724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2180  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.38 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.999071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1697  addiction module antidote protein  34.38 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.920473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3765  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 97 aa  64.3  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1740  addiction module antidote protein, HigA family  34.38 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.368154  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1562  addiction module antidote protein  34.38 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1659  addiction module antidote protein  34.38 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42030  antitoxin protein  42.05 
 
 		 95 aa  64.3  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2491  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.23 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.289319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2342  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.7 
 
 		 93 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2089  addiction module antidote protein, HigA family  34.38 
 
 		 94 aa  63.9  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3101  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.77 
 
 		 100 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.768418 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0422  virulence-associated protein, putative  41.57 
 
 		 97 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0415  putative plasmid maintenance system antidote protein VapI  47.54 
 
 		 78 aa  63.9  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2469  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.77 
 
 		 100 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3083  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.77 
 
 		 100 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0578  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.89 
 
 		 108 aa  63.5  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1062  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.03 
 
 		 102 aa  63.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000765045 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1484  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.76 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6433  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.77 
 
 		 100 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0405  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.7 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2779  plasmid maintenance system antidote protein  39.08 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48213  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1144  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.7 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1963  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.66 
 
 		 99 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0393563 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4500  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.72 
 
 		 99 aa  62  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.550402 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0361  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.7 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2852  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.08 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3643  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.67 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0160538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0533  virulence-associated protein I  38.27 
 
 		 103 aa  60.1  0.000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.888429  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0768  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.78 
 
 		 100 aa  60.1  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1669  addiction module antidote protein  38.27 
 
 		 101 aa  60.1  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2430  plasmid maintenance system antidote protein  34.94 
 
 		 108 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.216096  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4449  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.29 
 
 		 91 aa  58.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0947  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.96 
 
 		 106 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0019  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.3 
 
 		 98 aa  58.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191318  normal  0.0141037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1590  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0352422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2927  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.64 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3858  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.63 
 
 		 105 aa  58.2  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5444  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.23 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.401369  normal  0.26731 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0272  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.04 
 
 		 106 aa  57.4  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.188299 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1105  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  34.07 
 
 		 90 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0903859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3243  plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0211861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1105  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.37 
 
 		 105 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912318  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2829  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.9 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0896969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0902  hypothetical protein  33.01 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2184  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.02 
 
 		 102 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000446782 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2031  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.4 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.65469  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2764  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.62 
 
 		 95 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3198  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.8 
 
 		 104 aa  55.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.562378  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2894  addiction module antidote protein, HigA family  35 
 
 		 119 aa  55.8  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2106  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.56 
 
 		 93 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3127  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  44.3 
 
 		 131 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.273977  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0576  addiction module antidote protein, HigA family  44.3 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.3 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0484556  unclonable  0.0000000122724 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4678  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.03 
 
 		 98 aa  55.1  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171358  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0560  addiction module antidote protein  44.3 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00434  predicted DNA-binding transcriptional regulator  44.3 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449816  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1535  plasmid maintenance system antidote protein  39.53 
 
 		 123 aa  54.7  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0393222  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1677  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.63 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2896  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.21 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543418 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00439  hypothetical protein  44.3 
 
 		 113 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.540311  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.44 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.953679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61840  putative virulence-associated protein  38.27 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000756673  hitchhiker  0.00808433 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1142  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.570352  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4918  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.25 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5378  addiction module antidote protein  38.27 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.369538  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0403  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0418  addiction module antidote protein, HigA family  43.04 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0522  addiction module antidote protein  43.04 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3001  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.67 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.770477 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0885  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3183  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.31 
 
 		 113 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.171228  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2319  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.62 
 
 		 127 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.622069 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0750  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.71 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.236771  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>