More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_1340 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1547  LacI family transcription regulator  98.81 
 
 
337 aa  677  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0111532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  100 
 
 
337 aa  683  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  4.60933e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2079  transcriptional regulator, LacI family  49.11 
 
 
341 aa  323  2e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.275805  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0539  transcriptional regulator, LacI family  46.13 
 
 
340 aa  307  2e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0714  transcriptional regulator, LacI family  44.01 
 
 
334 aa  287  2e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3369  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  37.87 
 
 
327 aa  219  4e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0626  transcriptional regulator, LacI family  37.57 
 
 
327 aa  217  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4389  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  37.57 
 
 
327 aa  217  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02944  DNA-binding transcriptional repressor  37.57 
 
 
327 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02894  hypothetical protein  37.57 
 
 
327 aa  217  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3257  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  37.57 
 
 
327 aa  216  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0625  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  37.57 
 
 
327 aa  216  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3542  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  37.57 
 
 
327 aa  216  6e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1372  galactose operon repressor  37.69 
 
 
331 aa  214  1e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03334  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  37.35 
 
 
328 aa  213  4e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1775  LacI family transcription regulator  34.52 
 
 
330 aa  211  1e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002659  beta-D-galactosidase transcriptional repressor  35.59 
 
 
328 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.443693  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0793  transcriptional regulator, LacI family  38.3 
 
 
340 aa  205  1e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.137474  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0977  transcriptional regulator, LacI family  33.52 
 
 
343 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0302  LacI family transcription regulator  35.42 
 
 
333 aa  204  2e-51  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.323775  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4137  regulatory protein LacI  33.91 
 
 
359 aa  200  4e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0741  transcriptional regulator, LacI family  32.67 
 
 
343 aa  199  8e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1972  DNA-binding transcriptional repressor EbgR  33.14 
 
 
326 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0103522 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 
341 aa  179  6e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  36.21 
 
 
337 aa  176  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 
341 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  6.79153e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.2 
 
 
341 aa  164  1e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.88 
 
 
341 aa  165  1e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1063  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 
337 aa  163  3e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.95 
 
 
341 aa  163  5e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 
341 aa  162  5e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 
341 aa  162  5e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 
341 aa  162  5e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  32.85 
 
 
336 aa  162  6e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.62 
 
 
341 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.85436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.62 
 
 
341 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  6.5632e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  31.21 
 
 
339 aa  162  8e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 
341 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 
341 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.33 
 
 
341 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.43 
 
 
341 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.26079e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 
337 aa  160  4e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  33.62 
 
 
336 aa  159  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  31.5 
 
 
336 aa  159  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  2.203e-08  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.6163e-13  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.14 
 
 
341 aa  159  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  9.94316e-05 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 
328 aa  159  8e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  35.53 
 
 
333 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  6.6632e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0568  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 
339 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  8.65309e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.68 
 
 
328 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0909  LacI family transcription regulator  30.21 
 
 
339 aa  157  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  2.95634e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.56 
 
 
341 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 
335 aa  156  6e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1323  transcription regulator of beta-galactosidase gene  30.79 
 
 
333 aa  155  7e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0049  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
337 aa  155  7e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.825102  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.85 
 
 
341 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 
336 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1454  LacI family transcription regulator  32.06 
 
 
334 aa  154  3e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0012728  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.82 
 
 
353 aa  153  3e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.37 
 
 
333 aa  151  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  29.74 
 
 
333 aa  150  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  7.82419e-07 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  30.92 
 
 
334 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  32.18 
 
 
340 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.86 
 
 
336 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  3.48221e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  32.56 
 
 
342 aa  148  1e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  31.3 
 
 
353 aa  147  2e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1087  LacI family transcription regulator  29.49 
 
 
339 aa  147  2e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.42902  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.88 
 
 
337 aa  147  2e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.41 
 
 
334 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 
332 aa  146  4e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  30.17 
 
 
355 aa  146  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 
336 aa  146  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  28.9 
 
 
340 aa  146  6e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0881  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 
335 aa  145  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000659595  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  31.01 
 
 
333 aa  145  1e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.08 
 
 
337 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  32.11 
 
 
337 aa  144  2e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  31.64 
 
 
337 aa  143  4e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 
346 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 
357 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 
346 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 
337 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  29.28 
 
 
331 aa  142  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.14 
 
 
329 aa  141  1e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 
337 aa  142  1e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  30.09 
 
 
328 aa  141  1e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 
348 aa  141  1e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 
336 aa  142  1e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 
346 aa  142  1e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 
330 aa  142  1e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  27.49 
 
 
341 aa  140  2e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  35.16 
 
 
344 aa  141  2e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0509  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
335 aa  140  2e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  5.7395e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  30.37 
 
 
333 aa  141  2e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>