More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2339 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
491 aa  998    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  64.73 
 
 
490 aa  626  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.94 
 
 
476 aa  316  5e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  39.33 
 
 
507 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.27 
 
 
484 aa  312  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.97 
 
 
484 aa  310  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.21 
 
 
479 aa  302  9e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.87 
 
 
495 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.97 
 
 
476 aa  293  6e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.35 
 
 
480 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  36.55 
 
 
492 aa  281  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  38.05 
 
 
496 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.4 
 
 
485 aa  280  3e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  37.4 
 
 
485 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.95 
 
 
485 aa  276  7e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  41.44 
 
 
477 aa  276  7e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.05 
 
 
493 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.63 
 
 
493 aa  265  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  36.61 
 
 
474 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.74 
 
 
485 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.58 
 
 
465 aa  253  4.0000000000000004e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.52 
 
 
485 aa  248  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.49 
 
 
546 aa  229  7e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.24 
 
 
244 aa  226  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  42.86 
 
 
295 aa  224  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  61.38 
 
 
214 aa  224  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.7 
 
 
207 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.19 
 
 
217 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.77 
 
 
223 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.77 
 
 
223 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.77 
 
 
223 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.69 
 
 
217 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.69 
 
 
219 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  40.62 
 
 
279 aa  210  5e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  56.38 
 
 
218 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  56.38 
 
 
218 aa  209  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  56.38 
 
 
218 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  40.35 
 
 
279 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  38.7 
 
 
279 aa  207  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.8 
 
 
213 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  31.6 
 
 
428 aa  182  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.09 
 
 
213 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.11 
 
 
217 aa  177  5e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.63 
 
 
211 aa  176  8e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.17 
 
 
213 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  37.59 
 
 
278 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.08 
 
 
260 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.6 
 
 
209 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
224 aa  171  4e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.09 
 
 
220 aa  170  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.18 
 
 
217 aa  169  7e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
224 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
237 aa  169  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  51.46 
 
 
235 aa  168  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  36.08 
 
 
285 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.93 
 
 
225 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  36.73 
 
 
280 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  36.92 
 
 
282 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.21 
 
 
207 aa  163  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.15 
 
 
202 aa  160  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.88 
 
 
206 aa  160  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.68 
 
 
230 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.68 
 
 
230 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.61 
 
 
224 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.92 
 
 
229 aa  157  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.13 
 
 
208 aa  155  1e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.64 
 
 
229 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  46.29 
 
 
211 aa  152  2e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.86 
 
 
223 aa  150  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.89 
 
 
217 aa  150  4e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  35.66 
 
 
299 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.36 
 
 
300 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  35.69 
 
 
264 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.95 
 
 
216 aa  143  8e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  32.71 
 
 
265 aa  139  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.5 
 
 
216 aa  138  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.26 
 
 
222 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.96 
 
 
279 aa  126  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.16 
 
 
201 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0935  uracil-DNA glycosylase  42.77 
 
 
255 aa  118  1.9999999999999998e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  41.72 
 
 
210 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.83 
 
 
300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.46 
 
 
206 aa  117  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.99 
 
 
216 aa  116  7.999999999999999e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.38 
 
 
276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
193 aa  114  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.55 
 
 
186 aa  115  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.66 
 
 
193 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.23 
 
 
210 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2334  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.74 
 
 
219 aa  113  9e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  37.44 
 
 
224 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.43 
 
 
210 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.28 
 
 
205 aa  111  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1085  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.11 
 
 
217 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.863324  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1479  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.95 
 
 
184 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.242328  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1487  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.9 
 
 
245 aa  110  6e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.65 
 
 
249 aa  110  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  39.75 
 
 
206 aa  110  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0082  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.12 
 
 
264 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.8 
 
 
200 aa  110  8.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>