61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2923 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  100 
 
 		 285 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  92.28 
 
 		 282 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  95.76 
 
 		 280 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  87.41 
 
 		 278 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  62.14 
 
 		 279 aa  350  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  60.93 
 
 		 279 aa  342  5e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  60.22 
 
 		 279 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  53.79 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.04 
 
 		 490 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.28 
 
 		 491 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.51 
 
 		 479 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.14 
 
 		 485 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  35.48 
 
 		 477 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  34.74 
 
 		 485 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  32.71 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.59 
 
 		 476 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.02 
 
 		 485 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.7 
 
 		 495 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.43 
 
 		 493 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.91 
 
 		 485 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.67 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  35.23 
 
 		 474 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.43 
 
 		 480 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.92 
 
 		 484 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.8 
 
 		 485 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.83 
 
 		 484 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.69 
 
 		 279 aa  115  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.11 
 
 		 493 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  28.74 
 
 		 264 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.28 
 
 		 476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  31.6 
 
 		 496 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  28.06 
 
 		 265 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.87 
 
 		 465 aa  102  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.2 
 
 		 247 aa  95.9  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  30 
 
 		 492 aa  93.6  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.11 
 
 		 546 aa  93.2  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  25.24 
 
 		 507 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3328  hypothetical protein  35.04 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0175  hypothetical protein  27.92 
 
 		 257 aa  56.6  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1925  hypothetical protein  23.94 
 
 		 247 aa  55.8  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000101879  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0664  hypothetical protein  27.97 
 
 		 247 aa  55.5  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.559542  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0924  hypothetical protein  22.42 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000208193 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1725  hypothetical protein  24.74 
 
 		 246 aa  54.7  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.290957  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3381  hypothetical protein  30.3 
 
 		 260 aa  53.9  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3694  hypothetical protein  26.32 
 
 		 270 aa  53.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000281163  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0349  hypothetical protein  26.87 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0227  hypothetical protein  28.06 
 
 		 252 aa  51.2  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0221603 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0321  hypothetical protein  27.34 
 
 		 250 aa  50.1  0.00004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.322219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1283  hypothetical protein  28.08 
 
 		 249 aa  50.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4057  hypothetical protein  26.28 
 
 		 256 aa  49.3  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303287  normal  0.100752 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0825  hypothetical protein  27.93 
 
 		 294 aa  48.9  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.246214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1203  hypothetical protein  28.37 
 
 		 255 aa  48.1  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0634007  normal  0.702374 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0406  hypothetical protein  25.76 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000345216  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1574  hypothetical protein  24.86 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.235468  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2638  hypothetical protein  21.86 
 
 		 245 aa  47.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0193  hypothetical protein  25.69 
 
 		 254 aa  46.2  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.125888 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0125  hypothetical protein  31.25 
 
 		 248 aa  46.2  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.212307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0247  hypothetical protein  24.39 
 
 		 245 aa  46.2  0.0007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1788  hypothetical protein  26.58 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05000  hypothetical protein  22.62 
 
 		 247 aa  44.3  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0307  hypothetical protein  26.14 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00166335  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>