More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4607 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  100 
 
 
479 aa  961    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  47.94 
 
 
474 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.67 
 
 
465 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.37 
 
 
485 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.79 
 
 
484 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.48 
 
 
485 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.43 
 
 
484 aa  375  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.12 
 
 
495 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.74 
 
 
476 aa  359  6e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.82 
 
 
480 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  44.56 
 
 
477 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  41.26 
 
 
492 aa  341  2e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.33 
 
 
476 aa  341  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.69 
 
 
493 aa  339  7e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.35 
 
 
485 aa  338  9e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.86 
 
 
493 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  42.11 
 
 
496 aa  335  9e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.98 
 
 
485 aa  334  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.19 
 
 
485 aa  333  3e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.21 
 
 
491 aa  298  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.38 
 
 
490 aa  290  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  43.17 
 
 
299 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  31.85 
 
 
507 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.74 
 
 
206 aa  196  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.5 
 
 
220 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.11 
 
 
225 aa  177  3e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.04 
 
 
213 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.7 
 
 
211 aa  175  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.69 
 
 
260 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.63 
 
 
300 aa  172  9e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.28 
 
 
213 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.92 
 
 
213 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.79 
 
 
217 aa  172  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.25 
 
 
546 aa  171  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  41.73 
 
 
265 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  49.73 
 
 
218 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.5 
 
 
223 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  49.73 
 
 
218 aa  168  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.24 
 
 
209 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.5 
 
 
223 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.5 
 
 
223 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  49.73 
 
 
218 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.48 
 
 
214 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  35.25 
 
 
279 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  39.13 
 
 
264 aa  163  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.95 
 
 
217 aa  163  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.13 
 
 
247 aa  162  1e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.44 
 
 
224 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.65 
 
 
244 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.43 
 
 
219 aa  162  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.97 
 
 
229 aa  160  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.44 
 
 
224 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  31.37 
 
 
428 aa  160  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.9 
 
 
202 aa  160  6e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  38.55 
 
 
295 aa  158  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.03 
 
 
229 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.71 
 
 
217 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.62 
 
 
230 aa  157  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.62 
 
 
230 aa  157  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.45 
 
 
237 aa  155  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  38.15 
 
 
278 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  37.69 
 
 
279 aa  153  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  34.59 
 
 
279 aa  152  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.48 
 
 
224 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  48.5 
 
 
235 aa  150  6e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.31 
 
 
207 aa  150  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.03 
 
 
207 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.74 
 
 
217 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  35.89 
 
 
282 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  49.13 
 
 
211 aa  147  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  33.83 
 
 
279 aa  147  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  36.03 
 
 
280 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.13 
 
 
208 aa  143  8e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  36.25 
 
 
285 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.78 
 
 
223 aa  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.64 
 
 
217 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.91 
 
 
222 aa  129  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.59 
 
 
216 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.06 
 
 
201 aa  126  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.5 
 
 
206 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.56 
 
 
216 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.53 
 
 
205 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.76 
 
 
295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0689  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.9 
 
 
294 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614175  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.07 
 
 
285 aa  117  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1363  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.91 
 
 
341 aa  117  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.948234 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40 
 
 
294 aa  116  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.18 
 
 
245 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1944  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.34 
 
 
345 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.63 
 
 
220 aa  114  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2003  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.63 
 
 
433 aa  114  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262884  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.34 
 
 
367 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1234  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.37 
 
 
358 aa  114  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532559  normal  0.188562 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.56 
 
 
199 aa  113  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2515  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.33 
 
 
231 aa  113  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2463  uracil-DNA glycosylase  37.63 
 
 
455 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1242  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.18 
 
 
264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.738609 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2607  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  37.63 
 
 
468 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2519  uracil-DNA glycosylase  37.63 
 
 
455 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.31218  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.04 
 
 
300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>