More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1899 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  70.43 
 
 
496 aa  657    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
480 aa  976    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  85.6 
 
 
495 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.51 
 
 
484 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50 
 
 
484 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.79 
 
 
493 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.74 
 
 
476 aa  415  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  47.5 
 
 
492 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.05 
 
 
485 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.05 
 
 
485 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  48.37 
 
 
477 aa  402  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  48.64 
 
 
474 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.88 
 
 
465 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.04 
 
 
476 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.18 
 
 
493 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.02 
 
 
485 aa  385  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  49.15 
 
 
485 aa  382  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  45.67 
 
 
479 aa  378  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.06 
 
 
485 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  77.73 
 
 
225 aa  355  1e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.29 
 
 
490 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  66.39 
 
 
247 aa  301  1e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.76 
 
 
491 aa  297  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.81 
 
 
428 aa  257  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.76 
 
 
209 aa  247  3e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  60.62 
 
 
260 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.85 
 
 
217 aa  238  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  48.21 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.59 
 
 
213 aa  226  8e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.22 
 
 
211 aa  222  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.18 
 
 
220 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  55.15 
 
 
235 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.81 
 
 
224 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.92 
 
 
202 aa  216  5e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  40.77 
 
 
264 aa  216  7e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.37 
 
 
206 aa  216  9e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.88 
 
 
300 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.92 
 
 
213 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.73 
 
 
224 aa  209  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.16 
 
 
213 aa  206  8e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  39.23 
 
 
265 aa  206  8e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.96 
 
 
279 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  31.79 
 
 
507 aa  202  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.81 
 
 
224 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  55.93 
 
 
218 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  55.8 
 
 
218 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  55.8 
 
 
218 aa  197  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.24 
 
 
217 aa  196  8.000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  52.55 
 
 
211 aa  196  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.25 
 
 
208 aa  193  7e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.04 
 
 
229 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.25 
 
 
230 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.25 
 
 
230 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.76 
 
 
244 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.38 
 
 
237 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.26 
 
 
229 aa  187  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.49 
 
 
217 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.91 
 
 
207 aa  187  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.73 
 
 
217 aa  186  6e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.87 
 
 
223 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.37 
 
 
217 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.31 
 
 
223 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.31 
 
 
223 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.09 
 
 
216 aa  183  7e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.46 
 
 
214 aa  183  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.29 
 
 
223 aa  181  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.61 
 
 
219 aa  182  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.64 
 
 
207 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.71 
 
 
546 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  35.71 
 
 
295 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.03 
 
 
216 aa  159  1e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.28 
 
 
222 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  34.56 
 
 
279 aa  153  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  35.52 
 
 
279 aa  148  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  35.14 
 
 
279 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.53 
 
 
206 aa  147  5e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44 
 
 
210 aa  139  1e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.48 
 
 
205 aa  137  4e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0503  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.83 
 
 
216 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  32.08 
 
 
282 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.21 
 
 
304 aa  136  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  35.06 
 
 
278 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0266  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.68 
 
 
315 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.51 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.71 
 
 
330 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2370  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.19 
 
 
245 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.114234  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1937  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.56 
 
 
285 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.090684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1397  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.16 
 
 
317 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.60425 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.33 
 
 
249 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1589  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.44 
 
 
205 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.316918  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1494  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.44 
 
 
295 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.363091  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.22 
 
 
205 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  35.43 
 
 
285 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0372  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.24 
 
 
294 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000046016 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2028  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.24 
 
 
290 aa  127  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.25 
 
 
186 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.33 
 
 
255 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0552  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.91 
 
 
264 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.446381  hitchhiker  0.00103013 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1580  phage SPO1 DNA polymerase domain-containing protein  40.74 
 
 
220 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0245048  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  35.06 
 
 
280 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>