More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3335 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  100 
 
 
211 aa  431  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  58.03 
 
 
260 aa  229  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.77 
 
 
495 aa  222  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.22 
 
 
480 aa  221  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.12 
 
 
217 aa  221  7e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.91 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  58.64 
 
 
496 aa  220  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  57.53 
 
 
225 aa  219  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.65 
 
 
484 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  52.08 
 
 
492 aa  212  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.03 
 
 
206 aa  211  7e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.79 
 
 
224 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.7 
 
 
484 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  56.76 
 
 
208 aa  209  4e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.36 
 
 
220 aa  208  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.84 
 
 
202 aa  206  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.74 
 
 
476 aa  203  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.27 
 
 
224 aa  202  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.6 
 
 
213 aa  202  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  52.82 
 
 
474 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.08 
 
 
213 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  51.85 
 
 
477 aa  201  7e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.55 
 
 
237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.41 
 
 
213 aa  197  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  55.81 
 
 
485 aa  197  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  51.78 
 
 
235 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.78 
 
 
224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.23 
 
 
476 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.78 
 
 
207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.31 
 
 
217 aa  196  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.71 
 
 
217 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  53.71 
 
 
217 aa  191  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.6 
 
 
223 aa  191  7e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.25 
 
 
217 aa  191  7e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  50.25 
 
 
211 aa  190  1e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.48 
 
 
465 aa  189  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.07 
 
 
485 aa  188  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.1 
 
 
244 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.39 
 
 
214 aa  186  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.76 
 
 
216 aa  185  4e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.08 
 
 
428 aa  183  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.86 
 
 
229 aa  183  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.27 
 
 
223 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.86 
 
 
230 aa  182  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.86 
 
 
230 aa  182  3e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  51.52 
 
 
493 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.73 
 
 
223 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.73 
 
 
223 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  49.74 
 
 
218 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.98 
 
 
229 aa  179  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  50.26 
 
 
218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  49.21 
 
 
218 aa  177  8e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.54 
 
 
219 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.63 
 
 
491 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.33 
 
 
485 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  49.23 
 
 
493 aa  175  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.7 
 
 
479 aa  175  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.37 
 
 
485 aa  174  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  53.37 
 
 
485 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.73 
 
 
207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.35 
 
 
490 aa  171  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.95 
 
 
222 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.85 
 
 
546 aa  156  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.5 
 
 
216 aa  155  3e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.9 
 
 
201 aa  137  7.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  45.96 
 
 
507 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.35 
 
 
210 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.39 
 
 
206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.52 
 
 
209 aa  123  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.31 
 
 
207 aa  123  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2305  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.25 
 
 
192 aa  122  3e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0147899 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.72 
 
 
187 aa  122  4e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.54 
 
 
186 aa  121  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1487  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.05 
 
 
245 aa  120  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2543  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.39 
 
 
235 aa  120  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0670794  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2076  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.95 
 
 
194 aa  121  9.999999999999999e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1948  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.35 
 
 
190 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.735506  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.92 
 
 
193 aa  119  3e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.92 
 
 
193 aa  119  3e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1838  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.11 
 
 
185 aa  118  4.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0839  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.85 
 
 
297 aa  117  9e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0413074 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.63 
 
 
249 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.133247  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.85 
 
 
305 aa  116  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0074  uracil-DNA glycosylase  35.94 
 
 
261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0552  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.97 
 
 
264 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.446381  hitchhiker  0.00103013 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1870  Uracil-DNA glycosylase-like protein  36.08 
 
 
233 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00147256  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.79 
 
 
210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1058  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.61 
 
 
276 aa  116  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503443  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0164  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.67 
 
 
273 aa  115  3.9999999999999997e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0044  DNA polymerase-related protein  36.6 
 
 
261 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0438  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.45 
 
 
189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.67 
 
 
205 aa  115  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1912  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.26 
 
 
199 aa  115  5e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.43 
 
 
205 aa  115  6e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0718  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.53 
 
 
193 aa  115  6e-25  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.809619 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1723  putative phage DNA polymerase  41.9 
 
 
213 aa  114  8.999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2276  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.02 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.23 
 
 
200 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.14 
 
 
209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1056  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.38 
 
 
196 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>