66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4147 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  100 
 
 		 295 aa  590  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  57.55 
 
 		 279 aa  298  9e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  56.83 
 
 		 279 aa  295  8e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  54.35 
 
 		 279 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  54.15 
 
 		 278 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2769  hypothetical protein  53.09 
 
 		 280 aa  271  7e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2923  hypothetical protein  53.26 
 
 		 285 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.301224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  53.65 
 
 		 282 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.03 
 
 		 490 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.86 
 
 		 491 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.55 
 
 		 479 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.53 
 
 		 485 aa  155  7e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1758  uracil-DNA glycosylase  38.26 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.76 
 
 		 484 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.37 
 
 		 480 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.74 
 
 		 476 aa  152  8e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.74 
 
 		 485 aa  151  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.22 
 
 		 484 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.11 
 
 		 495 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3585  putative DNA polymerase related protein  30.94 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  38.89 
 
 		 496 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.39 
 
 		 485 aa  143  3e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  36.29 
 
 		 493 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  38.11 
 
 		 477 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.55 
 
 		 485 aa  139  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  34.45 
 
 		 507 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  35.25 
 
 		 546 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4595  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.27 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.9 
 
 		 485 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01932  putative DNA polymerase related protein  30.8 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.15 
 
 		 493 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.73 
 
 		 476 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  36.02 
 
 		 492 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  37.4 
 
 		 474 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4850  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.78 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0473991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.16 
 
 		 465 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.56 
 
 		 247 aa  109  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.166552  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3381  hypothetical protein  28.51 
 
 		 260 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3328  hypothetical protein  31.37 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12073  hypothetical protein  25.88 
 
 		 258 aa  67  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.793461  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0406  hypothetical protein  25.81 
 
 		 245 aa  67  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000345216  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1925  hypothetical protein  23.77 
 
 		 247 aa  66.6  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000101879  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0175  hypothetical protein  30.94 
 
 		 257 aa  65.9  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0924  hypothetical protein  28.76 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000208193 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1725  hypothetical protein  25.47 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.290957  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0193  hypothetical protein  31.43 
 
 		 254 aa  63.5  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.125888 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0247  hypothetical protein  28.37 
 
 		 245 aa  62  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4057  hypothetical protein  30.99 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303287  normal  0.100752 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0227  hypothetical protein  30.43 
 
 		 252 aa  60.5  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0221603 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  30.05 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1283  hypothetical protein  30.77 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2638  hypothetical protein  27.78 
 
 		 245 aa  58.5  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05000  hypothetical protein  22.44 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1941  hypothetical protein  29.06 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0664  hypothetical protein  27.21 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.559542  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0825  hypothetical protein  28.93 
 
 		 294 aa  55.8  0.0000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.246214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1203  hypothetical protein  29.93 
 
 		 255 aa  55.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0634007  normal  0.702374 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0349  hypothetical protein  25.45 
 
 		 243 aa  54.7  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0307  hypothetical protein  29.79 
 
 		 245 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00166335  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0321  hypothetical protein  25.18 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.322219 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1788  hypothetical protein  26.38 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3694  hypothetical protein  25.69 
 
 		 270 aa  49.7  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000281163  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0109  hypothetical protein  29.68 
 
 		 249 aa  49.3  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0125  hypothetical protein  27.24 
 
 		 248 aa  48.1  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.212307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1574  hypothetical protein  27.2 
 
 		 243 aa  46.6  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.235468  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0819  hypothetical protein  19.91 
 
 		 280 aa  43.5  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>