More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4006 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
304 aa  586  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.46 
 
 
304 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.44 
 
 
305 aa  479  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0195  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  90.79 
 
 
304 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.55 
 
 
304 aa  475  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1251  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  85.15 
 
 
304 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.82 
 
 
304 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.44 
 
 
304 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.043674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.44 
 
 
304 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.887785  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.44 
 
 
304 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0666762  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1276  ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
313 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.485839  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1048  ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
313 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2559  putative dipeptide transport system permease protein  82.03 
 
 
313 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1444  ABC transporter, permease protein  81.54 
 
 
313 aa  449  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.82 
 
 
304 aa  447  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165085  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0249  ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
313 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0520  ABC transporter, permease protein  80.53 
 
 
313 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.747108  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1390  ABC transporter, permease protein  82.03 
 
 
313 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.028004  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1309  ABC transporter, permease protein  82.03 
 
 
313 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0351291  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  65.76 
 
 
300 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.76 
 
 
300 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.05 
 
 
301 aa  370  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.41 
 
 
319 aa  365  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.79 
 
 
305 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.95 
 
 
300 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.55 
 
 
310 aa  355  5e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.373123  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.12 
 
 
300 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3886  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  61.36 
 
 
301 aa  351  8e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.3 
 
 
301 aa  346  3e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.72 
 
 
311 aa  345  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.732722 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.48 
 
 
301 aa  345  4e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.27 
 
 
308 aa  340  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.39 
 
 
307 aa  340  2e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.06 
 
 
311 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428406  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  59.52 
 
 
301 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1919  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  63.73 
 
 
310 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.307176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.84 
 
 
300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.24 
 
 
307 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
300 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.26 
 
 
301 aa  333  2e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.97 
 
 
310 aa  330  1e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.59 
 
 
310 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.93 
 
 
304 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.47 
 
 
311 aa  322  3e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.82 
 
 
300 aa  322  4e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.41 
 
 
298 aa  321  8e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.193699  normal  0.806351 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.86 
 
 
296 aa  317  1e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1028  dipeptide ABC transporter, permease protein  57.29 
 
 
309 aa  312  4.999999999999999e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.29309  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.81 
 
 
300 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.397277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1880  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.17 
 
 
300 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.296986 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.65 
 
 
277 aa  296  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.35 
 
 
289 aa  294  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 
290 aa  286  4e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.6 
 
 
291 aa  285  7e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4038  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  53.48 
 
 
278 aa  281  7.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3553  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, permease protein  53.48 
 
 
278 aa  281  7.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3688  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.48 
 
 
278 aa  281  7.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.1 
 
 
286 aa  270  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.17 
 
 
285 aa  265  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  46.98 
 
 
301 aa  264  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.95 
 
 
301 aa  261  6.999999999999999e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.388501  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  49.09 
 
 
300 aa  259  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  46.62 
 
 
300 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
300 aa  259  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
285 aa  256  4e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 
300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
295 aa  252  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.78 
 
 
299 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.86 
 
 
280 aa  249  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.31 
 
 
308 aa  248  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.82 
 
 
302 aa  248  8e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
287 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  46.27 
 
 
284 aa  246  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.3 
 
 
296 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
280 aa  246  2e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.95 
 
 
308 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1952  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
302 aa  246  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  45.45 
 
 
304 aa  245  6.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  49.23 
 
 
281 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
303 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.51 
 
 
299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  42.51 
 
 
299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  41.41 
 
 
299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  42.51 
 
 
299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  42.51 
 
 
299 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.55 
 
 
304 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.581816  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1688  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.9 
 
 
298 aa  242  5e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.175944  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.89 
 
 
312 aa  242  5e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.56 
 
 
298 aa  242  6e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  45.89 
 
 
298 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
299 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2172  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.56 
 
 
298 aa  241  9e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01443  D-ala-D-ala transporter subunit  44.56 
 
 
298 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.45304  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1674  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.56 
 
 
298 aa  241  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01455  hypothetical protein  44.56 
 
 
298 aa  241  1e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.47297  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1529  dipeptide ABC transporter, permease protein  45.45 
 
 
302 aa  241  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
304 aa  241  1e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
310 aa  241  2e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
300 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2097  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  44.22 
 
 
298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>