226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2728 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  100 
 
 		 282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  58.98 
 
 		 257 aa  275  9e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 269 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 270 aa  248  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  53.56 
 
 		 271 aa  248  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  54.65 
 
 		 271 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  54.65 
 
 		 271 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  54.65 
 
 		 271 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  54.65 
 
 		 271 aa  246  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0248  helix-turn-helix domain protein  61.33 
 
 		 275 aa  246  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0240027  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  54.65 
 
 		 271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  54.65 
 
 		 271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  54.65 
 
 		 271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 269 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 269 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  54.44 
 
 		 269 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2432  XRE family transcriptional regulator  53.53 
 
 		 269 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.732467  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1816  XRE family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 270 aa  238  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  53.05 
 
 		 270 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 284 aa  229  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0773  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 270 aa  204  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0622  hypothetical protein  46.3 
 
 		 270 aa  204  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 266 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  44.88 
 
 		 266 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0588  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.88 
 
 		 280 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418032  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0530  XRE family transcriptional regulator  46.06 
 
 		 264 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0566101  hitchhiker  0.0000527807 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  36.54 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  37.89 
 
 		 280 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 281 aa  149  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 263 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.1 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  37.85 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  36.86 
 
 		 259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 		 278 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 283 aa  142  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  32.92 
 
 		 276 aa  141  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  38.22 
 
 		 265 aa  140  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  36.12 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 280 aa  138  7.999999999999999e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  33.45 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 264 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  33.86 
 
 		 279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 277 aa  133  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 276 aa  132  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  34.52 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  34.66 
 
 		 275 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 278 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  34.63 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 289 aa  125  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 281 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  31.52 
 
 		 317 aa  119  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0025  helix-turn-helix domain protein  32.82 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  33.07 
 
 		 276 aa  116  3e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 313 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  34.26 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  33.07 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  32.44 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3547  XRE family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0023  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0902  XRE family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  35.98 
 
 		 257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  32.83 
 
 		 307 aa  109  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  34.31 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 289 aa  109  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  32.51 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  33.2 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 318 aa  105  6e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  32.91 
 
 		 273 aa  105  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  34.57 
 
 		 284 aa  104  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 318 aa  103  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  33.18 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  30.86 
 
 		 302 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  29.39 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 278 aa  102  9e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  29.39 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  32.4 
 
 		 280 aa  100  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>