More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4439 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4439  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 304 aa  602  1.0000000000000001e-171  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.977167  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31330  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  62.42 
 
 		 305 aa  386  1e-106  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  62.11 
 
 		 326 aa  374  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3371  periplasmic solute binding protein  62.37 
 
 		 307 aa  363  3e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3168  periplasmic solute binding protein  63.6 
 
 		 313 aa  357  9.999999999999999e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.601869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2141  periplasmic solute binding protein  57.63 
 
 		 315 aa  322  4e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0282  periplasmic solute binding protein  49.03 
 
 		 346 aa  306  2.0000000000000002e-82  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000440667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1663  putative ABC transporter substrate-binding protein  56.69 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.315809  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10491  ABC transporter substrate-binding protein  51.11 
 
 		 320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.232212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  48.1 
 
 		 321 aa  300  1e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  53.28 
 
 		 287 aa  298  6e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  47.4 
 
 		 321 aa  297  1e-79  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  52.01 
 
 		 341 aa  295  5e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  49.83 
 
 		 310 aa  294  1e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  55.88 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  50.65 
 
 		 320 aa  291  1e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  47.32 
 
 		 302 aa  287  1e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  53.87 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  46.58 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  46.58 
 
 		 304 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  50.55 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  50.55 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  50.55 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  50.55 
 
 		 305 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  50.55 
 
 		 305 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  52.9 
 
 		 299 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  46.23 
 
 		 294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  53.16 
 
 		 324 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  48.8 
 
 		 310 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  53.58 
 
 		 300 aa  282  5.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  47.24 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  51.88 
 
 		 296 aa  280  3e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  51.5 
 
 		 301 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  50.51 
 
 		 297 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06661  ABC transporter substrate-binding protein  44.6 
 
 		 300 aa  275  6e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.391111  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  50.51 
 
 		 297 aa  275  9e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0601  ABC transporter substrate-binding protein  45.23 
 
 		 302 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.498334  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0297  periplasmic solute binding protein  48.35 
 
 		 316 aa  272  4.0000000000000004e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0234277  normal  0.0497295 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  49.44 
 
 		 316 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06271  ABC transporter substrate-binding protein  45.39 
 
 		 302 aa  267  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06571  ABC transporter substrate-binding protein  45.02 
 
 		 299 aa  265  5e-70  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.351556  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2895  twin-arginine translocation pathway signal  51.5 
 
 		 310 aa  265  7e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1388  periplasmic solute binding protein  53.74 
 
 		 312 aa  263  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  0.503002 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  46.44 
 
 		 304 aa  263  3e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  45.58 
 
 		 322 aa  261  8.999999999999999e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  46.44 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  45.58 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  45.23 
 
 		 322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  47.1 
 
 		 286 aa  258  6e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  47.37 
 
 		 305 aa  252  6e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  46.57 
 
 		 314 aa  250  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  40.99 
 
 		 290 aa  239  2.9999999999999997e-62  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  40.07 
 
 		 320 aa  191  9e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  36.77 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1041  periplasmic solute binding protein  38.05 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203742 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  38.18 
 
 		 291 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  30.87 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  30.2 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  31 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  30.84 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  30.84 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0654  periplasmic solute binding protein  29.9 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00869057  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0669  periplasmic solute binding protein  29.9 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.041189  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  29 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  35.41 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  36.36 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  33.89 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  37.91 
 
 		 339 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  35.66 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  35.55 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  36.17 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  34.32 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  35.53 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  32.35 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.21 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  34.96 
 
 		 298 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  33.83 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.25 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  31.23 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  29.17 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  32.67 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  31.97 
 
 		 292 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  34.15 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  34.98 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  35.21 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  33.83 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  32.21 
 
 		 292 aa  152  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  34.93 
 
 		 289 aa  152  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2805  periplasmic solute binding protein  30.48 
 
 		 326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  33.94 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  31.91 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  30.71 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  30.34 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  30.42 
 
 		 311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  31.85 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  30.07 
 
 		 325 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  30.71 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  32.52 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0290  ABC transporter, substrate-binding protein  25.65 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  33.01 
 
 		 325 aa  142  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>