219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2415 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2415  putative RNA methylase  100 
 
 		 373 aa  762    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0460836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2378  putative RNA methylase  64.75 
 
 		 399 aa  479  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.74505  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0265  putative RNA methylase  58.67 
 
 		 375 aa  442  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2577  putative RNA methylase  56.43 
 
 		 374 aa  380  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.274965  hitchhiker  0.00000225035 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0018  putative RNA methylase  53.15 
 
 		 370 aa  357  1.9999999999999998e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000217625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2256  N6-adenine-specific DNA methylase  35.54 
 
 		 369 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00159755  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  37.77 
 
 		 387 aa  216  5e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  34.3 
 
 		 393 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  32.95 
 
 		 375 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  32.95 
 
 		 375 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  35.51 
 
 		 391 aa  192  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  34.41 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  34.22 
 
 		 399 aa  189  9e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  34.57 
 
 		 375 aa  189  9e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  34.66 
 
 		 389 aa  188  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  32.79 
 
 		 375 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  32.28 
 
 		 393 aa  186  6e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  33.81 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  32.68 
 
 		 419 aa  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  33.81 
 
 		 376 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 749 aa  179  7e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.82 
 
 		 708 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2381  putative RNA methylase  33.24 
 
 		 380 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.43 
 
 		 707 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  33.73 
 
 		 432 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  32.75 
 
 		 417 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  32.57 
 
 		 706 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.84 
 
 		 738 aa  173  5e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  32.51 
 
 		 374 aa  173  5e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  33.78 
 
 		 380 aa  170  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  32.86 
 
 		 432 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.81 
 
 		 713 aa  169  5e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  31.9 
 
 		 374 aa  169  6e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  33.42 
 
 		 398 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.53 
 
 		 718 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0287  putative RNA methylase  28.49 
 
 		 379 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1504  hypothetical protein  32.63 
 
 		 381 aa  168  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1533  hypothetical protein  32.63 
 
 		 381 aa  168  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2429  putative RNA methylase  30 
 
 		 384 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1015  hypothetical protein  33.43 
 
 		 378 aa  167  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.842194  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0925  putative RNA methylase  30.59 
 
 		 398 aa  167  2.9999999999999998e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.54 
 
 		 705 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00621  RNA methylase family protein  28.61 
 
 		 374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0054  putative RNA methylase  28.88 
 
 		 374 aa  166  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2939  putative RNA methylase  31.09 
 
 		 390 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000322588  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1282  putative RNA methylase  31.01 
 
 		 379 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000499107  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0293  putative RNA methylase  30.9 
 
 		 377 aa  165  9e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.107871  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  33.16 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  33.16 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  33.59 
 
 		 432 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  33.16 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  29.22 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  33.16 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  33.16 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  33.16 
 
 		 430 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0366  putative RNA methylase  31.72 
 
 		 380 aa  164  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203497  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  33.77 
 
 		 430 aa  164  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00641  RNA methylase family protein  28.34 
 
 		 374 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3084  putative RNA methylase  29 
 
 		 378 aa  164  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  33.16 
 
 		 430 aa  164  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1904  putative RNA methylase  30.9 
 
 		 384 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.71 
 
 		 705 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1081  N6-adenine-specific DNA methylase  29.78 
 
 		 376 aa  163  4.0000000000000004e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.117372  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.61 
 
 		 721 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0971  putative RNA methylase  29.02 
 
 		 384 aa  163  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.143771  normal  0.522905 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  32.37 
 
 		 425 aa  163  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08600  putative RNA methylase  29.21 
 
 		 379 aa  162  7e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  33.25 
 
 		 433 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2102  putative methyltransferase  30.32 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.486637  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0028  hypothetical protein  30 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138235  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4151  putative RNA methylase  30.97 
 
 		 398 aa  160  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.949301  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1816  methyltransferase, putative  30.32 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.961633  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1764  putative RNA methylase  31.32 
 
 		 411 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  31.98 
 
 		 430 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  32.47 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  32.47 
 
 		 434 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1484  putative RNA methylase  29.28 
 
 		 379 aa  160  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0140153  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  32.47 
 
 		 434 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.2 
 
 		 705 aa  160  5e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.83 
 
 		 706 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  32.31 
 
 		 433 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1690  hypothetical protein  29.86 
 
 		 381 aa  159  7e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3727  hypothetical protein  30.06 
 
 		 379 aa  159  8e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00339425  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1468  hypothetical protein  29.86 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1440  methyltransferase  29.86 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1441  methyltransferase  29.86 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00219601  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1617  hypothetical protein  29.77 
 
 		 379 aa  157  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.595181  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1654  hypothetical protein  29.86 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0207358 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1584  hypothetical protein  29.86 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1729  hypothetical protein  29.86 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188996  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.97 
 
 		 715 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1039  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.68 
 
 		 725 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.525642  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 706 aa  157  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 706 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 706 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01161  RNA methylase family protein  29.65 
 
 		 374 aa  156  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0282  hypothetical protein  30.21 
 
 		 388 aa  155  8e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.439028  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1020  N6-adenine-specific DNA methylase  31.56 
 
 		 374 aa  154  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  32.14 
 
 		 393 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1763  putative RNA methylase  28.94 
 
 		 371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>