221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2424 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  100 
 
 		 398 aa  806    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  49.74 
 
 		 399 aa  383  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  50.26 
 
 		 387 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  48.81 
 
 		 385 aa  375  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  50.4 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  45.43 
 
 		 432 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  45.2 
 
 		 432 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  46.48 
 
 		 430 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  44.31 
 
 		 425 aa  324  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  45.77 
 
 		 430 aa  323  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  44.92 
 
 		 432 aa  322  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  44.81 
 
 		 434 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  44.58 
 
 		 434 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  44.58 
 
 		 434 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  44.6 
 
 		 433 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  44.26 
 
 		 430 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  43.43 
 
 		 433 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  41.59 
 
 		 419 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  41.85 
 
 		 417 aa  298  8e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  41.67 
 
 		 391 aa  289  8e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  39.9 
 
 		 428 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  39.04 
 
 		 437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  39.04 
 
 		 440 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  41.78 
 
 		 389 aa  280  4e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  39.85 
 
 		 413 aa  279  7e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  39.86 
 
 		 430 aa  279  7e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  38.01 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  38.01 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  39.95 
 
 		 393 aa  273  3e-72  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  37.53 
 
 		 471 aa  269  8e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  40.92 
 
 		 376 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  36.23 
 
 		 426 aa  265  8.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  40.38 
 
 		 376 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  38.04 
 
 		 393 aa  264  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.69 
 
 		 708 aa  263  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.64 
 
 		 709 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.64 
 
 		 709 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.18 
 
 		 709 aa  263  4e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.63 
 
 		 712 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.38 
 
 		 709 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  36.61 
 
 		 441 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.12 
 
 		 709 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  37.74 
 
 		 374 aa  259  7e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  44.19 
 
 		 468 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  38.48 
 
 		 375 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  43.73 
 
 		 471 aa  253  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  37.03 
 
 		 374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.34 
 
 		 711 aa  252  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.34 
 
 		 713 aa  252  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.34 
 
 		 713 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.34 
 
 		 713 aa  251  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  36.63 
 
 		 380 aa  250  3e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  36.54 
 
 		 374 aa  249  8e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.25 
 
 		 718 aa  248  1e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  37.35 
 
 		 440 aa  245  9e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.81 
 
 		 713 aa  243  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.77 
 
 		 711 aa  243  3e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  35.31 
 
 		 480 aa  242  7e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  43.96 
 
 		 472 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.51 
 
 		 749 aa  241  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2495  putative RNA methylase  36.6 
 
 		 387 aa  240  2.9999999999999997e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256792  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.34 
 
 		 711 aa  239  5e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  36.9 
 
 		 381 aa  238  1e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  36.39 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3255  RNA methylase family protein  33.25 
 
 		 392 aa  237  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.710684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.4 
 
 		 705 aa  237  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.08 
 
 		 721 aa  237  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.24 
 
 		 711 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  37.2 
 
 		 374 aa  236  8e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.81 
 
 		 734 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.24 
 
 		 706 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  42.72 
 
 		 472 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.73 
 
 		 706 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.73 
 
 		 706 aa  233  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.87 
 
 		 715 aa  232  7.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.62 
 
 		 712 aa  232  8.000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  34.18 
 
 		 485 aa  232  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.77 
 
 		 711 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2250  putative RNA methylase  37.7 
 
 		 380 aa  231  2e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.959304  normal  0.130722 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.47 
 
 		 706 aa  231  2e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0688  putative RNA methylase  37.76 
 
 		 734 aa  230  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0808112 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1420  putative RNA methylase  36.34 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00712049  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.8 
 
 		 738 aa  230  4e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1460  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.14 
 
 		 702 aa  229  6e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.07 
 
 		 705 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.05 
 
 		 705 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.36 
 
 		 711 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00611  RNA methylase family protein  33.24 
 
 		 374 aa  228  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.69 
 
 		 702 aa  226  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.34 
 
 		 702 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.32 
 
 		 702 aa  226  6e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000766949  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0196  putative RNA methylase  33.68 
 
 		 395 aa  226  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.289998 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.43 
 
 		 702 aa  226  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.18 
 
 		 702 aa  225  9e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>