219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0779 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  100 
 
 		 428 aa  883    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  69.03 
 
 		 440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  68.79 
 
 		 437 aa  570  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  67.38 
 
 		 441 aa  568  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  68.81 
 
 		 426 aa  567  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  67.13 
 
 		 413 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  62.75 
 
 		 468 aa  543  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  60.71 
 
 		 471 aa  535  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  65.4 
 
 		 430 aa  536  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  54.84 
 
 		 440 aa  404  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  44.8 
 
 		 433 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  44.73 
 
 		 430 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  44.94 
 
 		 425 aa  350  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  45.73 
 
 		 417 aa  349  6e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  47.19 
 
 		 430 aa  346  5e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  44.47 
 
 		 432 aa  346  5e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  44.47 
 
 		 432 aa  346  5e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  46.63 
 
 		 430 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  44.47 
 
 		 419 aa  339  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  46.63 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  46.63 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  46.63 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  46.63 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  46.63 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  46.63 
 
 		 430 aa  339  7e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  44.03 
 
 		 434 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  44.03 
 
 		 434 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  44.03 
 
 		 434 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  44.44 
 
 		 433 aa  332  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  43.87 
 
 		 432 aa  331  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  39.83 
 
 		 485 aa  326  4.0000000000000003e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  41.54 
 
 		 471 aa  319  5e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  41.91 
 
 		 472 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  43.02 
 
 		 472 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  39.18 
 
 		 480 aa  312  5.999999999999999e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0147  N6-adenine-specific DNA methylase-like protein  57.45 
 
 		 779 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  39.25 
 
 		 399 aa  289  6e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  40.96 
 
 		 387 aa  283  6.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  39.71 
 
 		 398 aa  272  7e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  38.21 
 
 		 385 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  36.6 
 
 		 375 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  37.34 
 
 		 380 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  36.84 
 
 		 389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  38.01 
 
 		 391 aa  242  9e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  35.89 
 
 		 376 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  36.6 
 
 		 376 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  35.9 
 
 		 393 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.05 
 
 		 708 aa  230  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.7 
 
 		 749 aa  228  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  34.62 
 
 		 393 aa  223  7e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.96 
 
 		 711 aa  219  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.06 
 
 		 711 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.6 
 
 		 712 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.58 
 
 		 709 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.58 
 
 		 709 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.58 
 
 		 709 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  35.15 
 
 		 375 aa  213  7e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 711 aa  213  7e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.09 
 
 		 713 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.09 
 
 		 709 aa  212  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.09 
 
 		 713 aa  212  1e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.09 
 
 		 713 aa  212  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.84 
 
 		 711 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 709 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  33.57 
 
 		 393 aa  209  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.04 
 
 		 699 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  32.43 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.58 
 
 		 711 aa  204  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  32.43 
 
 		 375 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32 
 
 		 715 aa  201  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  34.27 
 
 		 729 aa  200  3e-50  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  32.25 
 
 		 381 aa  200  3.9999999999999996e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.01 
 
 		 738 aa  199  6e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  30.92 
 
 		 374 aa  198  2.0000000000000003e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4012  putative RNA methylase  34.53 
 
 		 387 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.206929  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.4 
 
 		 713 aa  195  2e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.08 
 
 		 701 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.03 
 
 		 718 aa  194  3e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.89 
 
 		 705 aa  193  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.71 
 
 		 707 aa  193  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.43 
 
 		 707 aa  191  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.6 
 
 		 718 aa  191  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.44 
 
 		 705 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2495  putative RNA methylase  30.73 
 
 		 387 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256792  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  33.42 
 
 		 380 aa  190  4e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.78 
 
 		 705 aa  190  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1322  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.3 
 
 		 712 aa  189  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0919587 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.6 
 
 		 711 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.95 
 
 		 707 aa  188  1e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.81 
 
 		 725 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4128  putative RNA methylase  33.33 
 
 		 387 aa  186  6e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.01 
 
 		 725 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4154  putative RNA methylase  33.33 
 
 		 387 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2250  putative RNA methylase  34.88 
 
 		 380 aa  185  2.0000000000000003e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.959304  normal  0.130722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.26 
 
 		 711 aa  185  2.0000000000000003e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.07 
 
 		 734 aa  184  3e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.31 
 
 		 752 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  29.79 
 
 		 484 aa  180  4.999999999999999e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  32.67 
 
 		 374 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  31.97 
 
 		 374 aa  179  9e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>