220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2967 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  82.85 
 
 		 417 aa  720    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  100 
 
 		 419 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2739  hypothetical protein  65.35 
 
 		 471 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2568  putative RNA methylase  64.18 
 
 		 472 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.509771 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2978  putative RNA methylase  64.4 
 
 		 472 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4003  hypothetical protein  57.91 
 
 		 430 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.656935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0696  putative RNA methylase  57.74 
 
 		 433 aa  461  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  56.94 
 
 		 432 aa  462  1e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2537  putative RNA methylase  57.31 
 
 		 425 aa  461  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  57.18 
 
 		 432 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  57.42 
 
 		 432 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2374  THUMP domain-containing protein  56.4 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3387  N6-adenine-specific DNA methylase  56.4 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0288  THUMP domain-containing protein  56.4 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1150  THUMP domain-containing protein  56.4 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3344  THUMP domain-containing protein  56.4 
 
 		 430 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615958  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3378  THUMP domain-containing protein  56.4 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.270297  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2557  THUMP domain-containing protein  56.4 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  57.28 
 
 		 433 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  56.16 
 
 		 430 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  56.8 
 
 		 434 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  56.8 
 
 		 434 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  56.8 
 
 		 434 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0237  putative RNA methylase  44.98 
 
 		 485 aa  387  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.601089  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0259  putative RNA methylase  44.96 
 
 		 480 aa  374  1e-102  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0422  putative RNA methylase  47.02 
 
 		 441 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0683  putative RNA methylase  45.84 
 
 		 426 aa  355  6.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  49.76 
 
 		 387 aa  354  2e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0339  putative RNA methylase  45.5 
 
 		 437 aa  352  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.179905  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0779  putative RNA methylase  45.41 
 
 		 428 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0350  putative RNA methylase  45.5 
 
 		 440 aa  351  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  45.56 
 
 		 399 aa  345  7e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0473  putative RNA methylase  43.36 
 
 		 413 aa  341  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4180  putative RNA methylase  43.95 
 
 		 440 aa  331  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0579  putative RNA methylase  43.78 
 
 		 430 aa  332  1e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  42.62 
 
 		 385 aa  329  6e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  40.69 
 
 		 468 aa  322  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  44.04 
 
 		 380 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3711  putative RNA methylase  38.91 
 
 		 471 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.0760034 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  41.83 
 
 		 398 aa  289  8e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0147  N6-adenine-specific DNA methylase-like protein  47.48 
 
 		 779 aa  265  8e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  37.65 
 
 		 375 aa  262  6.999999999999999e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  37.41 
 
 		 391 aa  253  3e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  36.61 
 
 		 376 aa  253  6e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  36.61 
 
 		 376 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  35.14 
 
 		 389 aa  245  9e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.83 
 
 		 749 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  36.39 
 
 		 393 aa  242  7e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  35.94 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.61 
 
 		 738 aa  230  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.59 
 
 		 713 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  31.07 
 
 		 375 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  31.07 
 
 		 375 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  33.66 
 
 		 393 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.73 
 
 		 730 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568261 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  32.43 
 
 		 374 aa  219  7.999999999999999e-56  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.59 
 
 		 701 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08561  putative N6-adenine-specific DNA methylase  33.09 
 
 		 381 aa  217  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 730 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 730 aa  216  8e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.33 
 
 		 730 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.66 
 
 		 711 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.91 
 
 		 713 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.41 
 
 		 712 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2250  putative RNA methylase  34.99 
 
 		 380 aa  213  4.9999999999999996e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.959304  normal  0.130722 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.41 
 
 		 734 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.91 
 
 		 713 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.91 
 
 		 713 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.25 
 
 		 708 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.16 
 
 		 709 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  33.58 
 
 		 380 aa  212  1e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.9 
 
 		 725 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.16 
 
 		 709 aa  212  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.09 
 
 		 711 aa  212  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  32.18 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  37.23 
 
 		 712 aa  211  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.9 
 
 		 709 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.16 
 
 		 709 aa  210  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.16 
 
 		 711 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.65 
 
 		 709 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  33.83 
 
 		 374 aa  209  1e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  33.83 
 
 		 374 aa  207  2e-52  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  33.17 
 
 		 762 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4012  putative RNA methylase  36.12 
 
 		 387 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.206929  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.42 
 
 		 718 aa  206  5e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1039  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.51 
 
 		 725 aa  206  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.525642  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.66 
 
 		 711 aa  206  8e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.92 
 
 		 750 aa  205  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0412  putative RNA methylase  35.56 
 
 		 382 aa  204  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.456044 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.17 
 
 		 715 aa  203  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.67 
 
 		 725 aa  203  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  0.0000000000188031 
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  33.92 
 
 		 484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.91 
 
 		 711 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.89 
 
 		 721 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  31.96 
 
 		 393 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2495  putative RNA methylase  31.72 
 
 		 387 aa  198  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.256792  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.81 
 
 		 752 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18930  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.15 
 
 		 738 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.36 
 
 		 756 aa  197  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.3 
 
 		 707 aa  197  4.0000000000000005e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>