219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2577 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2577  putative RNA methylase  100 
 
 		 374 aa  741    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.274965  hitchhiker  0.00000225035 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2415  putative RNA methylase  56.43 
 
 		 373 aa  398  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0460836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2378  putative RNA methylase  56.99 
 
 		 399 aa  377  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.74505  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0265  putative RNA methylase  52.11 
 
 		 375 aa  366  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0018  putative RNA methylase  53.93 
 
 		 370 aa  362  8e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000217625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2256  N6-adenine-specific DNA methylase  35.64 
 
 		 369 aa  205  8e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00159755  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  34.33 
 
 		 375 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  34.33 
 
 		 375 aa  202  8e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  36.46 
 
 		 387 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  37.29 
 
 		 391 aa  193  5e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  35.66 
 
 		 375 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.43 
 
 		 749 aa  187  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  33.69 
 
 		 376 aa  184  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  33.6 
 
 		 376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  34.15 
 
 		 375 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  34.13 
 
 		 389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  33.7 
 
 		 385 aa  179  9e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  36.55 
 
 		 713 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  35.13 
 
 		 393 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.24 
 
 		 721 aa  176  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2102  putative methyltransferase  29.86 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.486637  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1816  methyltransferase, putative  29.86 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.961633  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  32.87 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1039  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.95 
 
 		 725 aa  173  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.525642  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  31.11 
 
 		 374 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.79 
 
 		 708 aa  170  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.35 
 
 		 713 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.25 
 
 		 712 aa  169  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.06 
 
 		 708 aa  170  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.01 
 
 		 752 aa  169  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.72 
 
 		 709 aa  169  7e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 713 aa  169  9e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 709 aa  169  9e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 711 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 709 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000568014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 709 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.48 
 
 		 709 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.46 
 
 		 718 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.18 
 
 		 705 aa  168  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  33.24 
 
 		 393 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 713 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.41 
 
 		 718 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.62 
 
 		 706 aa  166  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.62 
 
 		 706 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.62 
 
 		 706 aa  166  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  31.44 
 
 		 399 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.61 
 
 		 715 aa  166  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.17 
 
 		 711 aa  166  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0971  putative RNA methylase  29.73 
 
 		 384 aa  165  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.143771  normal  0.522905 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.03 
 
 		 705 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0293  putative RNA methylase  29.81 
 
 		 377 aa  164  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.107871  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  35.7 
 
 		 712 aa  164  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.64 
 
 		 705 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.31 
 
 		 738 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.26 
 
 		 707 aa  161  1e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  33.33 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.09 
 
 		 702 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  31.23 
 
 		 419 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1460  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.3 
 
 		 702 aa  160  5e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.81 
 
 		 702 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.81 
 
 		 702 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.81 
 
 		 702 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1019  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.81 
 
 		 702 aa  159  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000163679  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  34.6 
 
 		 393 aa  159  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0429  putative RNA methylase  31.78 
 
 		 380 aa  159  9e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  decreased coverage  0.000469504  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01161  RNA methylase family protein  29.16 
 
 		 374 aa  159  9e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.61 
 
 		 706 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.5 
 
 		 707 aa  159  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  33.33 
 
 		 398 aa  158  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.11 
 
 		 711 aa  158  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2939  putative RNA methylase  30.32 
 
 		 390 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000322588  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1764  putative RNA methylase  31.28 
 
 		 411 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  33.98 
 
 		 432 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  31.78 
 
 		 706 aa  157  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000766949  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.27 
 
 		 702 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000372198  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.45 
 
 		 707 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0688  putative RNA methylase  36.02 
 
 		 734 aa  157  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0808112 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.7 
 
 		 702 aa  156  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.36 
 
 		 707 aa  155  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  31.34 
 
 		 417 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4484  putative RNA methylase  34.07 
 
 		 468 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.322135 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.99 
 
 		 702 aa  155  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.02 
 
 		 711 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1282  putative RNA methylase  28.73 
 
 		 379 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000499107  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.98 
 
 		 711 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0598  putative RNA methylase  33.17 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.116947  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  33.78 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.91 
 
 		 711 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1484  putative RNA methylase  28.46 
 
 		 379 aa  153  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0140153  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  33.16 
 
 		 433 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08600  putative RNA methylase  27.35 
 
 		 379 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2250  putative RNA methylase  33.52 
 
 		 380 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.959304  normal  0.130722 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2429  putative RNA methylase  28.84 
 
 		 384 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00621  RNA methylase family protein  25.56 
 
 		 374 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>