218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2378 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2378  putative RNA methylase  100 
 
 		 399 aa  794    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.74505  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2415  putative RNA methylase  64.75 
 
 		 373 aa  483  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0460836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0265  putative RNA methylase  60.87 
 
 		 375 aa  444  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2577  putative RNA methylase  56.99 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.274965  hitchhiker  0.00000225035 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0018  putative RNA methylase  54.52 
 
 		 370 aa  371  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000217625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2256  N6-adenine-specific DNA methylase  38.46 
 
 		 369 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00159755  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  35.97 
 
 		 393 aa  216  7e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  34.38 
 
 		 375 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  34.38 
 
 		 375 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  34.75 
 
 		 391 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  36.83 
 
 		 376 aa  200  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  36.26 
 
 		 376 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  34.83 
 
 		 389 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  35.31 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000218402  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3705  putative RNA methylase  36.66 
 
 		 387 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  35.04 
 
 		 393 aa  190  5e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1032  putative RNA methylase  33.15 
 
 		 399 aa  186  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.370932  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0971  putative RNA methylase  32.38 
 
 		 384 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.143771  normal  0.522905 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  33.06 
 
 		 375 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  33.6 
 
 		 738 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2381  putative RNA methylase  33.52 
 
 		 380 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1236  putative RNA methylase  33.24 
 
 		 385 aa  177  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.286379 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0293  putative RNA methylase  30.29 
 
 		 377 aa  176  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.107871  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00591  RNA methylase family protein  30.54 
 
 		 374 aa  176  8e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.950833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2939  putative RNA methylase  30.38 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000322588  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2102  putative methyltransferase  30.88 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.486637  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1816  methyltransferase, putative  30.88 
 
 		 375 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.961633  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.11 
 
 		 749 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08600  putative RNA methylase  30.09 
 
 		 379 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3084  putative RNA methylase  28.65 
 
 		 378 aa  174  3.9999999999999995e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.43 
 
 		 721 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  34.29 
 
 		 713 aa  172  9e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1764  putative RNA methylase  32 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0028  hypothetical protein  30.95 
 
 		 400 aa  171  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138235  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03361  RNA methylase family protein  31.62 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2967  putative RNA methylase  33.25 
 
 		 419 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3242  putative RNA methylase  30.12 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000019855  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2429  putative RNA methylase  29.14 
 
 		 384 aa  169  7e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1421  putative RNA methylase  28.61 
 
 		 375 aa  169  9e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1484  putative RNA methylase  30.95 
 
 		 379 aa  169  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0140153  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0282  putative RNA methylase:THUMP  32.12 
 
 		 380 aa  169  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377639  normal  0.859939 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1282  putative RNA methylase  31.23 
 
 		 379 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000499107  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3727  hypothetical protein  30.37 
 
 		 379 aa  167  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00339425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1617  hypothetical protein  30.09 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.595181  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1488  hypothetical protein  33.7 
 
 		 393 aa  166  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00216876  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0287  putative RNA methylase  30 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.2 
 
 		 706 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1690  hypothetical protein  30.37 
 
 		 381 aa  164  3e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2828  putative RNA methylase:THUMP  31.47 
 
 		 417 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712566  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.5 
 
 		 708 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1654  hypothetical protein  30.37 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0207358 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1468  hypothetical protein  30.37 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1440  methyltransferase  30.37 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1441  methyltransferase  30.37 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00219601  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1584  hypothetical protein  30.37 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0054  putative RNA methylase  28.42 
 
 		 374 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1729  hypothetical protein  30.37 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1904  putative RNA methylase  29.68 
 
 		 384 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  32.39 
 
 		 718 aa  162  8.000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1263  N6-adenine-specific DNA methylase-like  31.18 
 
 		 374 aa  161  2e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0245346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1081  N6-adenine-specific DNA methylase  31.7 
 
 		 376 aa  161  2e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.117372  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01161  RNA methylase family protein  29.55 
 
 		 374 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  30.26 
 
 		 702 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  30.26 
 
 		 702 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  30.26 
 
 		 702 aa  160  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.26 
 
 		 702 aa  160  5e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.26 
 
 		 702 aa  160  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.26 
 
 		 702 aa  160  5e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000581203  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.26 
 
 		 702 aa  160  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000372198  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.26 
 
 		 702 aa  159  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000766949  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1415  putative RNA methylase  29.55 
 
 		 374 aa  159  6e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.941781  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  31.38 
 
 		 705 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0925  putative RNA methylase  30.46 
 
 		 398 aa  157  2e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0249  putative RNA methylase  30.61 
 
 		 374 aa  158  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0789594  normal  0.0276638 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2677  putative RNA methylase  34.04 
 
 		 432 aa  158  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2424  N6-adenine-specific DNA methylase  32.24 
 
 		 398 aa  157  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.97 
 
 		 702 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00621  RNA methylase family protein  27.37 
 
 		 374 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.03 
 
 		 702 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1019  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.03 
 
 		 702 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000163679  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.03 
 
 		 702 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0366  putative RNA methylase  29.16 
 
 		 380 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203497  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.03 
 
 		 702 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.03 
 
 		 702 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3795  putative RNA methylase  35.09 
 
 		 433 aa  156  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.405369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  30.92 
 
 		 706 aa  156  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.64 
 
 		 707 aa  155  9e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.91 
 
 		 705 aa  155  9e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.97 
 
 		 715 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.94 
 
 		 706 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.94 
 
 		 706 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  29.94 
 
 		 706 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00641  RNA methylase family protein  26.94 
 
 		 374 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1362  hypothetical protein  32.3 
 
 		 484 aa  154  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  30.7 
 
 		 711 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0224  putative RNA methylase  33.16 
 
 		 434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.219183  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0708  putative RNA methylase  33.16 
 
 		 434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0675  putative RNA methylase  33.16 
 
 		 434 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.936037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1265  THUMP domain-containing protein  32.11 
 
 		 430 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0623  putative RNA methylase  32.21 
 
 		 432 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244531  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>