243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1572 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1572  cytidine deaminase  100 
 
 		 164 aa  334  3.9999999999999995e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0827  cytidine deaminase  75.2 
 
 		 130 aa  168  2e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.577908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0275  cytidine deaminase  71.88 
 
 		 130 aa  169  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1594  cytidine deaminase  66.67 
 
 		 134 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0247  cytidine deaminase  68.75 
 
 		 130 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.710107  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2223  cytidine deaminase  72 
 
 		 131 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2987  cytidine deaminase  68.6 
 
 		 132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0636  cytidine deaminase  48.33 
 
 		 139 aa  122  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119957 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01844  Cytidine deaminase  43.38 
 
 		 157 aa  121  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595326  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3099  cytidine deaminase  49.6 
 
 		 138 aa  121  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.296617 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0262  cytidine deaminase  46.34 
 
 		 130 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3340  cytidine deaminase  47.11 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.568351 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0510  cytidine deaminase  50.41 
 
 		 142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4462  cytidine deaminase  47.97 
 
 		 129 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238856  normal  0.450546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4174  cytidine deaminase  47.15 
 
 		 129 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1001  cytidine deaminase  44.6 
 
 		 137 aa  117  4.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3376  cytidine deaminase  49.18 
 
 		 132 aa  116  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.212028  normal  0.0792246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0790  cytidine deaminase  42.42 
 
 		 132 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000426322  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1828  cytidine deaminase  44.53 
 
 		 132 aa  113  8.999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12520  cytidine deaminase  42.31 
 
 		 133 aa  113  8.999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2422  cytidine deaminase  41.61 
 
 		 159 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4587  cytidine deaminase  49.59 
 
 		 135 aa  111  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00127227  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3149  cytidine deaminase  50.4 
 
 		 137 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1508  cytidine deaminase  43.75 
 
 		 129 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1835  cytidine deaminase  46.15 
 
 		 137 aa  110  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4381  cytidine deaminase  43.8 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00104367  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4152  cytidine deaminase  42.98 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000232365  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4200  cytidine deaminase  44.92 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0101414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4038  cytidine deaminase  44.92 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000126639  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4048  cytidine deaminase  44.92 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000101486  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4525  cytidine deaminase  44.92 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00234494  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4323  cytidine deaminase  44.92 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.09373e-57 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4418  cytidine deaminase  45.76 
 
 		 132 aa  108  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0143762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1621  cytidine deaminase  50 
 
 		 135 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.339634  normal  0.293483 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4434  cytidine deaminase  43.55 
 
 		 132 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000171056  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0818  cytidine deaminase  45.76 
 
 		 132 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000529216  decreased coverage  5.58138e-23 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1028  cytidine deaminase  45.31 
 
 		 132 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6091  cytidine deaminase  44.93 
 
 		 143 aa  107  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.469215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0407  cytidine deaminase  39.13 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0953  cytidine deaminase  40.83 
 
 		 129 aa  105  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.234119  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3655  cytidine deaminase  45.54 
 
 		 131 aa  103  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.179708  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4396  cytidine deaminase  46.61 
 
 		 136 aa  103  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.300415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2480  cytidine deaminase  42.42 
 
 		 142 aa  102  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.548526  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0739  cytidine deaminase  45.13 
 
 		 137 aa  100  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1390  hypothetical protein  42.74 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1606  hypothetical protein  42.74 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1068  cytidine deaminase  39.34 
 
 		 128 aa  99.4  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1590  cytidine deaminase, homotetrameric  45.76 
 
 		 129 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.672305  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6241  cytidine deaminase  45.76 
 
 		 129 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.217338  normal  0.894039 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6717  cytidine deaminase  45.76 
 
 		 129 aa  98.6  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5935  cytidine deaminase  44.09 
 
 		 199 aa  98.2  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0116924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2234  cytidine deaminase  44.55 
 
 		 125 aa  98.2  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.561027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3926  cytidine deaminase  52.21 
 
 		 120 aa  97.8  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.705178 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1797  cytidine deaminase  48.46 
 
 		 179 aa  97.8  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0827  cytidine deaminase  43.33 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0111434  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1777  cytidine deaminase  40.31 
 
 		 135 aa  97.1  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.172773  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1470  cytidine deaminase  40.98 
 
 		 131 aa  97.1  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000737931  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1203  cytidine deaminase  38.93 
 
 		 138 aa  95.9  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0287032  normal  0.397725 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1978  cytidine deaminase  38.52 
 
 		 131 aa  95.5  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00152916  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2005  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000237527  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1286  cytidine deaminase, homotetrameric  43.41 
 
 		 149 aa  95.1  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.887812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1634  cytidine deaminase  41.91 
 
 		 160 aa  95.1  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.574132  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1469  cytidine deaminase  40.46 
 
 		 388 aa  94.7  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.127234  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3067  cytidine deaminase  46.46 
 
 		 130 aa  94.7  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00456588  decreased coverage  0.0000000642957 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6661  cytidine deaminase  45.97 
 
 		 129 aa  94.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0872827  normal  0.0420856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4421  cytidine deaminase  41.27 
 
 		 129 aa  94.7  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2967  cytidine deaminase  52.25 
 
 		 137 aa  94.7  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0779026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3193  cytidine deaminase  52.25 
 
 		 137 aa  94.7  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0570235  normal  0.552926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1757  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000261998  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1735  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000541202  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1706  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000355072  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1895  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738736  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1930  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  8.03425e-50 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3448  cytidine deaminase  38.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000204883 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1898  cytidine deaminase  38.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000087188  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1755  cytidine deaminase  40.52 
 
 		 131 aa  94.4  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000792295  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0081  cytidine deaminase  40.8 
 
 		 132 aa  94  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000436242  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0855  cytidine deaminase  38.58 
 
 		 132 aa  94.4  7e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0939  cytidine deaminase  41.32 
 
 		 133 aa  94  8e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.743414  normal  0.851216 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0081  cytidine deaminase  40.8 
 
 		 132 aa  92.8  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000394049  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0741  cytidine deaminase  39.68 
 
 		 129 aa  92.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.605796  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1135  cytidine deaminase  38.6 
 
 		 134 aa  92  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1085  cytidine deaminase  38.35 
 
 		 138 aa  92  3e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0011  cytidine deaminase  42.28 
 
 		 127 aa  92  3e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0045  cytidine deaminase  39.84 
 
 		 127 aa  92.4  3e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.51644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1324  cytidine deaminase  38.84 
 
 		 131 aa  91.3  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0294653  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0042  cytidine deaminase  38.58 
 
 		 131 aa  90.5  8e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0173738 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2273  cytidine deaminase  36.15 
 
 		 132 aa  90.9  8e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2657  cytidine deaminase  42.61 
 
 		 135 aa  90.5  8e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.697109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1988  cytidine deaminase  35.38 
 
 		 132 aa  90.5  9e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0443  cytidine deaminase  35.4 
 
 		 129 aa  89.7  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.617897  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2661  hypothetical protein  44.44 
 
 		 231 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_11146  cytidine deaminase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02770)  36.64 
 
 		 138 aa  89  3e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.152404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0413  cytidine deaminase  45.37 
 
 		 130 aa  88.6  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511403  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3635  cytidine deaminase  38.13 
 
 		 142 aa  89  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.825648 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0737  pyrimidine-nucleoside phosphorylase  42.74 
 
 		 582 aa  88.2  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0115  cytidine deaminase  44.44 
 
 		 130 aa  88.2  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1065  cytidine deaminase  44.44 
 
 		 130 aa  88.2  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2803  cytidine deaminase  44.44 
 
 		 130 aa  88.2  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.33392  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0139  cytidine deaminase  44.44 
 
 		 130 aa  88.2  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>