More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0265 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0265  50S ribosomal protein L24  100 
 
 		 101 aa  200  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0644649  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0296  50S ribosomal protein L24  83.17 
 
 		 101 aa  173  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0770  50S ribosomal protein L24  80.2 
 
 		 101 aa  167  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220954  normal  0.799575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0602  50S ribosomal protein L24  74.26 
 
 		 101 aa  161  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2523  50S ribosomal protein L24  75.25 
 
 		 101 aa  153  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1726  50S ribosomal protein L24  75.25 
 
 		 101 aa  153  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.267784  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0372  50S ribosomal protein L24  75.25 
 
 		 101 aa  153  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2207  50S ribosomal protein L24  57.84 
 
 		 104 aa  118  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.848645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2153  50S ribosomal protein L24  59.8 
 
 		 104 aa  116  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3656  50S ribosomal protein L24  57.84 
 
 		 104 aa  115  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2468  50S ribosomal protein L24  57.84 
 
 		 104 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2190  50S ribosomal protein L24  57.84 
 
 		 104 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1441  50S ribosomal protein L24  57.14 
 
 		 102 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.191537 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2306  50S ribosomal protein L24  55.88 
 
 		 104 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0131397  normal  0.106944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1375  50S ribosomal protein L24  55.88 
 
 		 104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3173  50S ribosomal protein L24  55.88 
 
 		 104 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.926144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1919  50S ribosomal protein L24  58.25 
 
 		 105 aa  110  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.800609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5059  50S ribosomal protein L24  55.56 
 
 		 104 aa  110  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944884  normal  0.752652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1625  50S ribosomal protein L24  56.86 
 
 		 104 aa  110  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220886  normal  0.290984 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1343  50S ribosomal protein L24  56.12 
 
 		 102 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303664  normal  0.0414713 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1851  50S ribosomal protein L24  56.12 
 
 		 102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.369616  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1222  50S ribosomal protein L24  56.57 
 
 		 103 aa  108  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1365  50S ribosomal protein L24  57.28 
 
 		 105 aa  108  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0194376 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1185  50S ribosomal protein L24  55.56 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1967  50S ribosomal protein L24  56.57 
 
 		 103 aa  107  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00312191  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3437  50S ribosomal protein L24  53.92 
 
 		 104 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.372971  normal  0.502362 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2747  ribosomal protein L24  53.4 
 
 		 105 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0215334  normal  0.184511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4787  50S ribosomal protein L24  56.31 
 
 		 105 aa  105  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000760345  unclonable  0.000000000281859 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0709  50S ribosomal protein L24  55 
 
 		 104 aa  105  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000657544  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0677  50S ribosomal protein L24  55 
 
 		 104 aa  105  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000108454  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1556  50S ribosomal protein L24  50.98 
 
 		 104 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0569  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 		 105 aa  104  4e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1667  50S ribosomal protein L24  55 
 
 		 104 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00304946  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1784  50S ribosomal protein L24P  58.82 
 
 		 104 aa  102  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0499077  normal  0.110496 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2977  50S ribosomal protein L24  57.69 
 
 		 106 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0997  50S ribosomal protein L24  53.54 
 
 		 103 aa  100  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0287179 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05775  ribosomal protein L24  52.53 
 
 		 104 aa  98.2  3e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0853  ribosomal protein L24  50.96 
 
 		 118 aa  97.1  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0342  50S ribosomal protein L24  60.19 
 
 		 105 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3306  50S ribosomal protein L24  51.55 
 
 		 102 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000014944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0133  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.5334e-62 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0121  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000545325  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0121  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127512  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0117  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000109018  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0115  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000177787  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0121  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000111062  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5184  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000136575  unclonable  1.12682e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0152  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107051  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0142  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000603774  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3168  50S ribosomal protein L24  50 
 
 		 102 aa  93.6  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000400105  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  47.12 
 
 		 104 aa  93.6  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0116  50S ribosomal protein L24  49.48 
 
 		 103 aa  93.2  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000483187  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0964  50S ribosomal protein L24  50.96 
 
 		 106 aa  93.2  1e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0198062  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2700  50S ribosomal protein L24  48.51 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0260  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  92  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0016412  hitchhiker  0.00832042 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2621  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.199386  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3158  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000569435  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3765  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000275135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3793  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3735  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000153975  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1935  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000142192  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3057  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000284312  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1935  50S ribosomal protein L24  50.96 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3489  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00124411  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  50 
 
 		 104 aa  92.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000484148  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3633  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 102 aa  92  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000432444  decreased coverage  0.00000000000135878 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000014526  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000911949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  92  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000356583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000115284  unclonable  0.00000000000347385 
 
 
-
 
NC_002978  WD0670  50S ribosomal protein L24  51.43 
 
 		 105 aa  91.3  4e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077767  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  48.08 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000100309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000135344  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4304  50S ribosomal protein L24  45.19 
 
 		 106 aa  91.3  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.375946  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0325  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  91.3  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000177904  decreased coverage  0.0025148 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000151512  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0115  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 		 103 aa  91.3  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000584056  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3912  50S ribosomal protein L24  46.15 
 
 		 108 aa  91.3  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.146923  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  90.5  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  50 
 
 		 104 aa  90.9  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000175822  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0210  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216375  unclonable  0.0000000000129617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0090  50S ribosomal protein L24  48.04 
 
 		 107 aa  90.9  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0661954 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 		 104 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745945  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0338  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000146987  normal  0.0110732 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1127  50S ribosomal protein L24  50 
 
 		 107 aa  90.5  7e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0371151  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3458  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515991  decreased coverage  0.00425299 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2748  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0278  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000698437  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0287  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000208318  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0359  50S ribosomal protein L24  47.42 
 
 		 102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000304489  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  48.08 
 
 		 104 aa  90.1  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000844667  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1260  50S ribosomal protein L24  49.5 
 
 		 105 aa  90.1  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4533  50S ribosomal protein L24  47.12 
 
 		 104 aa  89.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114986  hitchhiker  0.00167683 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  46.15 
 
 		 104 aa  89.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000129578  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2807  50S ribosomal protein L24  52.43 
 
 		 105 aa  89.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.426501 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0071  50S ribosomal protein L24  48.08 
 
 		 103 aa  89.7  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1342  50S ribosomal protein L24  48.51 
 
 		 105 aa  89.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  47.12 
 
 		 104 aa  89.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000126624  unclonable  0.0000000000482395 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>