More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0169 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  100 
 
 
104 aa  206  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000484148  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  95.19 
 
 
104 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000151512  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  95.19 
 
 
104 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  95.19 
 
 
104 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000115284  unclonable  0.00000000000347385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  95.19 
 
 
104 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000135344  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  94.23 
 
 
104 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000844667  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  93.27 
 
 
104 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000126624  unclonable  0.0000000000482395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  93.27 
 
 
104 aa  197  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000100309  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  90.38 
 
 
104 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000129578  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  91.35 
 
 
104 aa  194  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000175822  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0159  50S ribosomal protein L24  89.42 
 
 
104 aa  192  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000158735  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  91.35 
 
 
104 aa  192  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0210  50S ribosomal protein L24  91.35 
 
 
104 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216375  unclonable  0.0000000000129617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  91.35 
 
 
104 aa  192  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  91.35 
 
 
104 aa  192  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745945  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0224  50S ribosomal protein L24  87.5 
 
 
104 aa  183  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000086996  unclonable  0.00000723515 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03160  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0404  ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3503  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000502759  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3625  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00533524  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3694  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000331178  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0404  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000000839278  hitchhiker  0.0000141467 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3625  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301612  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0416  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000325696  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3698  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000743122  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3733  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.012207  normal  0.015742 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3792  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256632  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03111  hypothetical protein  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000161136  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3796  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307428  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3604  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000161475  normal  0.0245278 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4632  50S ribosomal protein L24  81.73 
 
 
104 aa  169  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000390519  normal  0.45352 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0334  50S ribosomal protein L24  80.77 
 
 
104 aa  168  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000849803  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3740  50S ribosomal protein L24  79.81 
 
 
104 aa  166  7e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000337214  hitchhiker  0.00363811 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3811  50S ribosomal protein L24  80.77 
 
 
104 aa  166  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000390603  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4533  50S ribosomal protein L24  78.85 
 
 
104 aa  166  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114986  hitchhiker  0.00167683 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3990  50S ribosomal protein L24  79.81 
 
 
104 aa  165  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0024494  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  77.88 
 
 
104 aa  163  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000911949  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  77.88 
 
 
104 aa  163  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000014526  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  77.88 
 
 
104 aa  163  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000356583  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3513  ribosomal protein L24  72.12 
 
 
104 aa  160  8.000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000647333  hitchhiker  0.0000000884976 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1000  50S ribosomal protein L24  75.96 
 
 
104 aa  159  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00244473  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  77.88 
 
 
104 aa  158  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00949  50S ribosomal protein L24  77.88 
 
 
104 aa  157  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000585684  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0071  50S ribosomal protein L24  72.82 
 
 
103 aa  154  4e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00741  50S ribosomal protein L24  80.58 
 
 
105 aa  152  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001731  LSU ribosomal protein L24p (L26e)  81.55 
 
 
105 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000137234  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0970  50S ribosomal protein L24  73.27 
 
 
105 aa  150  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000143141  hitchhiker  0.000000947265 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2163  50S ribosomal protein L24  79.61 
 
 
105 aa  150  8e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  9.19947e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0637  ribosomal protein L24  71 
 
 
104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000000374833  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4537  50S ribosomal protein L24  71 
 
 
104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407127  normal  0.120344 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06360  50S ribosomal protein L24  69 
 
 
104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127864  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4265  50S ribosomal protein L24  70.3 
 
 
105 aa  144  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000655615  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3898  50S ribosomal protein L24  71 
 
 
104 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00126984  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5068  50S ribosomal protein L24  69 
 
 
104 aa  142  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000162639  normal  0.122565 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0465  50S ribosomal protein L24  68 
 
 
104 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.451517  hitchhiker  0.00000267089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0498  50S ribosomal protein L24  68 
 
 
104 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000033533  normal  0.098699 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0495  50S ribosomal protein L24  68 
 
 
104 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105186  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4738  50S ribosomal protein L24  68 
 
 
104 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0127139  normal  0.762072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0848  50S ribosomal protein L24  68.32 
 
 
104 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08960  50S ribosomal protein L24  68.32 
 
 
104 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786471  normal  0.0497722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0730  ribosomal protein L24  70.3 
 
 
106 aa  140  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00351151  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  68.63 
 
 
107 aa  140  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.227235 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0331  50S ribosomal protein L24  78.64 
 
 
105 aa  139  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000207405  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0432  50S ribosomal protein L24  65.35 
 
 
105 aa  135  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0323669  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0290  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
105 aa  133  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000794802  hitchhiker  0.00000184934 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  62.38 
 
 
105 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0847  50S ribosomal protein L24  61.39 
 
 
105 aa  128  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0306  ribosomal protein L24  65 
 
 
104 aa  128  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0004461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0486  50S ribosomal protein L24  64.71 
 
 
106 aa  127  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000769902  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2158  ribosomal protein L24  61.39 
 
 
104 aa  125  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0775088  normal  0.23262 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0384  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000110242  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0392  50S ribosomal protein L24  63.73 
 
 
106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277402  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2314  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
106 aa  125  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00356207  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2313  50S ribosomal protein L24  58.42 
 
 
105 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.103377  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0330  50S ribosomal protein L24  61.54 
 
 
106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  0.0000000479114 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0331  50S ribosomal protein L24  60.78 
 
 
106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000249202  hitchhiker  0.00112167 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0469  50S ribosomal protein L24  59.8 
 
 
106 aa  124  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0778  ribosomal protein L24  59.8 
 
 
105 aa  124  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000331203  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3327  50S ribosomal protein L24  62.38 
 
 
105 aa  124  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000922916  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0612  50S ribosomal protein L24  62.75 
 
 
106 aa  124  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00279937  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0338  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
106 aa  123  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.530632  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0508  50S ribosomal protein L24  61.76 
 
 
106 aa  123  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.019473  hitchhiker  0.000000000313767 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0348  50S ribosomal protein L24  59.41 
 
 
107 aa  123  9e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000772359  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1843  50S ribosomal protein L24  59.41 
 
 
107 aa  123  9e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0334  ribosomal protein L24  61.76 
 
 
107 aa  121  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000366107  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5059  50S ribosomal protein L24  61.32 
 
 
110 aa  120  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4232  50S ribosomal protein L24  59.8 
 
 
106 aa  120  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000941051  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1033  50S ribosomal protein L24  58.82 
 
 
106 aa  119  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000385068  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0339  ribosomal protein L24  58.25 
 
 
104 aa  119  9.999999999999999e-27  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3938  50S ribosomal protein L24  57.84 
 
 
105 aa  117  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0505  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 
110 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0612161  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2313  50S ribosomal protein L24  52.48 
 
 
105 aa  114  3e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000126749  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0444  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 
105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0162317  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04510  50S ribosomal protein L24  55.88 
 
 
105 aa  110  8.000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0040022  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0495  50S ribosomal protein L24  54.9 
 
 
105 aa  108  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000419023  normal  0.0253858 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0500  50S ribosomal protein L24  54.9 
 
 
105 aa  108  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000146538  decreased coverage  0.00101346 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3168  50S ribosomal protein L24  56 
 
 
102 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000400105  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0437  50S ribosomal protein L24  54.9 
 
 
105 aa  107  8.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000277232  hitchhiker  0.0000906767 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0325  50S ribosomal protein L24  60.42 
 
 
102 aa  106  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000177904  decreased coverage  0.0025148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3633  50S ribosomal protein L24  61.46 
 
 
102 aa  106  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000432444  decreased coverage  0.00000000000135878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>