More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0296 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0296  50S ribosomal protein L24  100 
 
 
101 aa  201  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0265  50S ribosomal protein L24  83.17 
 
 
101 aa  173  9e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0644649  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0602  50S ribosomal protein L24  79.21 
 
 
101 aa  167  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0770  50S ribosomal protein L24  80.2 
 
 
101 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220954  normal  0.799575 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2523  50S ribosomal protein L24  77.23 
 
 
101 aa  158  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0372  50S ribosomal protein L24  74.26 
 
 
101 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1726  50S ribosomal protein L24  74.26 
 
 
101 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.267784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2207  50S ribosomal protein L24  59.8 
 
 
104 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.848645  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2153  50S ribosomal protein L24  60.78 
 
 
104 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.78426 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2190  50S ribosomal protein L24  58.82 
 
 
104 aa  122  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2468  50S ribosomal protein L24  58.82 
 
 
104 aa  122  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167187  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1441  50S ribosomal protein L24  57.14 
 
 
102 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.191537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1919  50S ribosomal protein L24  58.25 
 
 
105 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.800609  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3656  50S ribosomal protein L24  57.58 
 
 
104 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1625  50S ribosomal protein L24  58.82 
 
 
104 aa  117  7e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.220886  normal  0.290984 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2306  50S ribosomal protein L24  57.58 
 
 
104 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0131397  normal  0.106944 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1375  50S ribosomal protein L24  56.57 
 
 
104 aa  116  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.526606 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1343  50S ribosomal protein L24  57.14 
 
 
102 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303664  normal  0.0414713 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1851  50S ribosomal protein L24  57.14 
 
 
102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.369616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5059  50S ribosomal protein L24  55.56 
 
 
104 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944884  normal  0.752652 
 
 
-
 
NC_004310  BR1222  50S ribosomal protein L24  57.58 
 
 
103 aa  114  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4787  50S ribosomal protein L24  59.41 
 
 
105 aa  114  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000760345  unclonable  0.000000000281859 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1185  50S ribosomal protein L24  56.57 
 
 
103 aa  114  6e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1967  50S ribosomal protein L24  56.57 
 
 
103 aa  112  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00312191  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0569  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 
105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2977  50S ribosomal protein L24  61.54 
 
 
106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1365  50S ribosomal protein L24  56.31 
 
 
105 aa  111  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0194376 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3173  50S ribosomal protein L24  54.55 
 
 
104 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.926144 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0997  50S ribosomal protein L24  55.56 
 
 
103 aa  110  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0287179 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0709  50S ribosomal protein L24  55 
 
 
104 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000657544  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2747  ribosomal protein L24  53.4 
 
 
105 aa  108  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0215334  normal  0.184511 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0677  50S ribosomal protein L24  55 
 
 
104 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000108454  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3437  50S ribosomal protein L24  54.55 
 
 
104 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.372971  normal  0.502362 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1556  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1667  50S ribosomal protein L24  55 
 
 
104 aa  107  7.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00304946  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1784  50S ribosomal protein L24P  57.84 
 
 
104 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0499077  normal  0.110496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0853  ribosomal protein L24  55.88 
 
 
118 aa  103  6e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1935  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
106 aa  103  8e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2700  50S ribosomal protein L24  51.49 
 
 
106 aa  102  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1342  50S ribosomal protein L24  53.47 
 
 
105 aa  102  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0342  50S ribosomal protein L24  59.22 
 
 
105 aa  100  8e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0116  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  99.8  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000483187  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5184  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000136575  unclonable  1.12682e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0121  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000545325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0133  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.5334e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0121  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000000127512  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0117  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000109018  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0115  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000177787  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0152  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107051  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0121  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000111062  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0964  50S ribosomal protein L24  54.81 
 
 
106 aa  100  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0198062  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0142  50S ribosomal protein L24  52.53 
 
 
103 aa  100  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000603774  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4304  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 
106 aa  99  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.375946  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05775  ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  99  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3306  50S ribosomal protein L24  51 
 
 
102 aa  99  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000014944  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3168  50S ribosomal protein L24  51 
 
 
102 aa  98.2  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000400105  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2807  50S ribosomal protein L24  54.37 
 
 
105 aa  97.8  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.426501 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0115  50S ribosomal protein L24  51.52 
 
 
103 aa  97.1  7e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000584056  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0670  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 
105 aa  95.9  2e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077767  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  47.12 
 
 
104 aa  95.5  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  51.89 
 
 
104 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000175822  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3912  50S ribosomal protein L24  46.15 
 
 
108 aa  95.9  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.146923  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1260  50S ribosomal protein L24  52.48 
 
 
105 aa  95.9  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.772262  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2828  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
102 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000539429  normal  0.361907 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  50.94 
 
 
104 aa  95.9  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000100309  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0118  50S ribosomal protein L24  48.48 
 
 
103 aa  95.1  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  50.94 
 
 
104 aa  94.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000484148  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2677  50S ribosomal protein L24  54.9 
 
 
106 aa  94.7  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.790603  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  94.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000126624  unclonable  0.0000000000482395 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1127  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
107 aa  94.7  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0371151  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2144  50S ribosomal protein L24P  49.5 
 
 
112 aa  94  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.168667  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04090  50S ribosomal protein L24  48.51 
 
 
104 aa  94  7e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000151512  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0122  50S ribosomal protein L24  48.48 
 
 
103 aa  93.6  9e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000115284  unclonable  0.00000000000347385 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  93.6  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000135344  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3489  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00124411  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1935  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000142192  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2621  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.199386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3765  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000275135  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3158  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000569435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  49.06 
 
 
104 aa  92.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000844667  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3057  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000284312  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3793  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  48.11 
 
 
104 aa  92.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000129578  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0260  50S ribosomal protein L24  46 
 
 
102 aa  92  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0016412  hitchhiker  0.00832042 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3735  50S ribosomal protein L24  47 
 
 
102 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000153975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0779  ribosomal protein L24  48.51 
 
 
106 aa  91.3  4e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0071  50S ribosomal protein L24  47.12 
 
 
103 aa  91.3  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0159  50S ribosomal protein L24  48.11 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000158735  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0712  ribosomal protein L24  50.47 
 
 
109 aa  90.9  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000697674  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  49.06 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3633  50S ribosomal protein L24  48.45 
 
 
102 aa  90.5  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000432444  decreased coverage  0.00000000000135878 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0210  50S ribosomal protein L24  49.06 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216375  unclonable  0.0000000000129617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  49.06 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  49.06 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745945  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0224  50S ribosomal protein L24  49.04 
 
 
104 aa  90.9  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000086996  unclonable  0.00000723515 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0287  50S ribosomal protein L24  46 
 
 
102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000208318  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0359  50S ribosomal protein L24  46 
 
 
102 aa  90.5  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000304489  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>