125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_37110 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_37110  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0860664  normal  0.0427609 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0050  tRNA-Phe  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0021  tRNA-Phe  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0048  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0045  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0044  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0045  tRNA-Phe  97.37 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0017  tRNA-Phe  97.3 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.847509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0056  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.131817 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0013  tRNA-Phe  96.05 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0058  tRNA-Phe  94.52 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0063  tRNA-Phe  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111891  normal  0.102996 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14013  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.4351199999999998e-39  hitchhiker  0.00000351067 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0056  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.339254  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0075  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0008  tRNA-Phe  95.52 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0053  tRNA-Phe  94.37 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0058  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.764492  normal  0.700955 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0060  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.223577  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0056  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0504799  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0004  tRNA-Phe  93.15 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.535396 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0064  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0057  tRNA-Phe  94.03 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0081  tRNA-Phe  94.03 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0057  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_R0056  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000288017  normal  0.0354601 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0005  tRNA-OTHER  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0031  tRNA-OTHER  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0058  tRNA-Phe  88.06 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.117841  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34030  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76483  normal  0.54682 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0008  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25110  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0007  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0050  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01870  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0075  tRNA-Phe  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.532419 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0054  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.579409  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0033  tRNA-Phe  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1168  tRNA-Met  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0070  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.817758 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0018  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0243467  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0017  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0021  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0005  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000284912  normal  0.13344 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0017  tRNA-Val  88.46 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0043  tRNA-Val  88.46 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0298498  normal  0.206957 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>