73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_R0056 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_R0056  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0504799  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14013  tRNA-Phe  93.24 
 
 		 77 bp  99.6  8e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.4351199999999998e-39  hitchhiker  0.00000351067 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37110  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0860664  normal  0.0427609 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0017  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.847509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0044  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0045  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0050  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0045  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0021  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0064  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0048  tRNA-Phe  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0008  tRNA-Phe  92.54 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0057  tRNA-Phe  92.54 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0058  tRNA-Phe  92.54 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0058  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.764492  normal  0.700955 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0053  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0013  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0060  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.223577  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0063  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111891  normal  0.102996 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0075  tRNA-Phe  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0056  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.339254  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0081  tRNA-Phe  91.04 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0004  tRNA-Phe  91.04 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.535396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0057  tRNA-Phe  91.04 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0056  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.131817 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0005  tRNA-OTHER  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0031  tRNA-OTHER  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0041  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000311146  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_R0056  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000288017  normal  0.0354601 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  84.38 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526696  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_R0007  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0058  tRNA-Phe  85.07 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.117841  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0033  tRNA-Phe  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>