121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0056 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0056  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.339254  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0063  tRNA-Phe  96.1 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.111891  normal  0.102996 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0058  tRNA-Phe  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.764492  normal  0.700955 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0060  tRNA-Phe  95.95 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.223577  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0055  tRNA-Phe  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.527907 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0056  tRNA-Phe  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.131817 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37110  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0860664  normal  0.0427609 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06160  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.599114  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0058  tRNA-Phe  91.78 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14013  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.4351199999999998e-39  hitchhiker  0.00000351067 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0075  tRNA-Phe  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0053  tRNA-Phe  91.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0008  tRNA-Phe  92.54 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0056  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0504799  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0004  tRNA-Phe  90.41 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.535396 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0050  tRNA-Phe  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0021  tRNA-Phe  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0045  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0048  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0064  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0045  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0044  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0081  tRNA-Phe  91.04 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0057  tRNA-Phe  91.04 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0017  tRNA-Phe  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.847509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0008  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0050  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0007  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01870  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25110  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34030  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76483  normal  0.54682 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0057  tRNA-Phe  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1399  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.756645 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0075  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.532419 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0013  tRNA-Phe  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0055  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00022808  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0061  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.686895  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0005  tRNA-OTHER  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0031  tRNA-OTHER  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0052  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.292372  normal  0.128808 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0010  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0033  tRNA-Phe  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0035  tRNA-Phe  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0004  tRNA-Phe  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000467453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0058  tRNA-Phe  85.07 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.117841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68030  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0351538  hitchhiker  0.008643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0076  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  hitchhiker  0.00000000192681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5887  tRNA-Phe  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0053  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0004  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.392598  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0005  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3981  hypothetical protein  96.3 
 
 		 564 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0075  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60610  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.820326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60620  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.787941  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0005  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0042  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0005  tRNA-Phe  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0034  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0007  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0209  tRNA-His  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.524642  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0269  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAPheVIMSS1309159  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAPheVIMSS1309357  tRNA-Phe  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0044  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000994799  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0037  tRNA-Phe  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>