299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0054 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0054  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.579409  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01870  tRNA-Phe  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0061  tRNA-Phe  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.686895  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1399  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.756645 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0004  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.147077  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0002  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000539151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0004  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000939428  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0009  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00618734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0024  tRNA-Ile  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0030  tRNA-Ile  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0035  tRNA-Ile  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.15056  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0031  tRNA-Ile  93.18 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0830552 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0042  tRNA-Ile  93.18 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0039  tRNA-Ile  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000868167  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0023  tRNA-Ile  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0208908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0019  tRNA-Ile  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0066  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0040  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.241965  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5640  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5643  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5704  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00205374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5714  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287498  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5016  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0220679  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0025  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000532399  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00325098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.667521  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000227383  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.426749  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000656223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.438933  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0007  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0062  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0014391  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.182943  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0663179  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0032  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.243312  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0110  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00436648  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0002  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0007  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000177312  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5312  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.122008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0019  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000162954  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0002  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0699442  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0007  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0795  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.48355e-33 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37110  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0860664  normal  0.0427609 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0082  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0466145  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0009  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.11936  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0028  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2506  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2772  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2212  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2459  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0002  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0121  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0370837  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1568  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1603  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.840001 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1800  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.21567e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1806  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000532501 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0015  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0008  tRNA-Phe  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0009  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0033  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0037  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0125  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.865634  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0055  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000360648  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5617  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0278362  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0870  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000703823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0008  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0344807  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5624  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0114  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00549183  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5801  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00827668  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5288  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.330851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4985  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4561  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000271401  normal  0.0816805 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0230  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00182201  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>