296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0001 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  98.65 
 
 		 76 bp  139  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0044  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0019  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0021  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0032  tRNA-Gly  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0100  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 75 bp  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.682719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0028  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0022  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0021  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.713807  normal  0.0150575 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0028  tRNA-Gly  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.763177  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0022  tRNA-Gly  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0368562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0008  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.626696 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0035  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.835014  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0024  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000390894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0036  tRNA-Gly  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0036  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0025  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.42192  normal  0.527647 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0014  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0036  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0596569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t44  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0414415  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0042  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000364982  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0006  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0216519  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0052  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000202976  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  89.33 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly02  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.73255 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0048  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000333522  normal  0.379894 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0004  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.31684 
 
 
-
 
NC_002950  PGt18  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0009  tRNA-Gly  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000723102  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  95.45 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  95.45 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0011  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446743  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  86.67 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  88 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>