72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4493 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4493  ATP synthase I chain  100 
 
 		 130 aa  255  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000280508  hitchhiker  0.00000551135 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4905  ATP synthase I chain  93.7 
 
 		 127 aa  237  5e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000915146  normal  0.14779 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3852  ATP synthase I chain  90.55 
 
 		 127 aa  228  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000120633  unclonable  0.00000154846 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4754  ATP synthase protein I  87.4 
 
 		 127 aa  225  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4373  ATP synthase I chain  86.61 
 
 		 127 aa  222  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000669  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4317  ATP synthase I chain  86.61 
 
 		 127 aa  222  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000703874  hitchhiker  0.0000000000823347 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4372  ATP synthase I chain  86.61 
 
 		 127 aa  222  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000845636  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3651  ATP synthase protein I  86.51 
 
 		 127 aa  221  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000619385  unclonable  0.00000639496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4514  ATP synthase I chain  85.83 
 
 		 151 aa  221  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00144664  normal  0.0252876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4024  ATP synthase I chain  85.04 
 
 		 127 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00201847  normal  0.85532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3932  ATP synthase I chain  85.04 
 
 		 127 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000705136  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4137  ATP synthase I chain  84.25 
 
 		 127 aa  217  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000292688  hitchhiker  0.000119081 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3759  ATP synthase I chain  83.46 
 
 		 127 aa  214  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000537364  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4052  ATP synthase I chain  77.17 
 
 		 129 aa  201  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3963  ATP synthase I chain  74.02 
 
 		 151 aa  186  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.296292  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4247  ATP synthase I chain  73.23 
 
 		 127 aa  181  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000661597  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3066  F0F1 ATP synthase subunit I  38.64 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2521  F0F1 ATP synthase subunit I  40.62 
 
 		 129 aa  80.1  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000399856  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00429  F0F1 ATP synthase subunit I  35.61 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2917  hypothetical protein  37.31 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3060  hypothetical protein  37.31 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6363  F0F1 ATP synthase subunit I  42.02 
 
 		 126 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73320  F0F1 ATP synthase subunit I  42.02 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.691131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3737  ATP synthase I chain  34.11 
 
 		 134 aa  70.1  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.383514  normal  0.351861 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002023  ATP synthase protein I  37.74 
 
 		 112 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000172705  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5438  F0F1 ATP synthase subunit I  38.98 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5207  F0F1 ATP synthase subunit I  38.66 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5302  F0F1 ATP synthase subunit I  38.98 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244326  normal  0.0929101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5420  F0F1 ATP synthase subunit I  38.98 
 
 		 135 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000160369 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5737  F0F1 ATP synthase subunit I  43.3 
 
 		 135 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00016778  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4302  ATP synthase I chain  32.26 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121609  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5128  F0F1 ATP synthase subunit I  41.76 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5606  ATP synthase F0, I subunit  41.76 
 
 		 135 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04090  membrane-bound ATP synthase subunit, F1-F0-type proton-ATPase  35 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000818292  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3312  ATP synthase protein I, putative  33.65 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.26583  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3291  ATP synthase I chain  38.46 
 
 		 161 aa  61.6  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755083  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2141  ATP synthase F0, I subunit  33.33 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0183  ATP synthase protein I  33.33 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.682673  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0005  ATP synthase protein I, putative  33.61 
 
 		 123 aa  55.5  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0559665  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4540  F0F1 ATP synthase subunit I  34.69 
 
 		 127 aa  54.3  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3986  F0F1 ATP synthase subunit I  34.78 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4250  F0F1 ATP synthase subunit I  35.45 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000394682  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4209  F0F1 ATP synthase subunit I  39.18 
 
 		 127 aa  51.2  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000251091  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4183  F0F1 ATP synthase subunit I  39.18 
 
 		 127 aa  51.2  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000276133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4219  F0F1 ATP synthase subunit I  39.18 
 
 		 127 aa  51.2  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000301046  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2876  ATP synthase I chain  41.18 
 
 		 146 aa  50.4  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.794417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3901  ATP synthase I chain  34.17 
 
 		 181 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52230  ATP synthase I chain  40 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0001  F0F1 ATP synthase subunit I  39.51 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000174013  hitchhiker  0.0034501 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0055  ATP synthase protein I  28.12 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3034  ATP synthase I chain  32.77 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0033  putative ATP synthase protein I  35 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4125  F0F1 ATP synthase subunit I  35.35 
 
 		 126 aa  47.4  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000524554  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4107  ATP synthase protein I  31.73 
 
 		 118 aa  47.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.09604e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3955  F0F1 ATP synthase subunit I  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000204463  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4228  ATP synthase I chain  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000294824  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03567  hypothetical protein  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000214026  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4182  F0F1 ATP synthase subunit I  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000328591  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03623  F0F1 ATP synthase subunit I  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000273392  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4255  F0F1 ATP synthase subunit I  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000153619  normal  0.0333498 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4255  F0F1 ATP synthase subunit I  37.35 
 
 		 126 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000721396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2437  ATP synthase I chain  32.84 
 
 		 140 aa  42  0.003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.317288  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4187  F0F1 ATP synthase subunit I  36.62 
 
 		 127 aa  41.2  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000826403  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3882  ATP synthase I chain  34.62 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0112913  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3973  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03911  normal  0.271142 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0019  putative ATP synthase protein I AtpI  31.62 
 
 		 164 aa  40.8  0.007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00588549  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3008  putative ATP synthase protein I  31.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.384957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4049  F0F1-type ATP synthase, subunit I  31.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3975  F0F1-type ATP synthase, subunit I  31.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.100302  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1594  putative ATP synthase protein I  31.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00838653  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3362  putative ATP synthase protein I  31.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.152716  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2950  ATP synthase protein I, putative  31.93 
 
 		 118 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>