33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4256 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4256  putative tricarboxylic transport membrane protein  100 
 
 		 163 aa  323  6e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.313811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6111  hypothetical protein  70.12 
 
 		 164 aa  228  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3335  hypothetical protein  63.19 
 
 		 163 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.122468 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3635  hypothetical protein  61.96 
 
 		 163 aa  208  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0307  putative tricarboxylic transport membrane protein  63.16 
 
 		 164 aa  187  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3314  putative tricarboxylic transport membrane protein  64.2 
 
 		 161 aa  174  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.188099  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3918  putative tricarboxylic transport membrane protein  55.21 
 
 		 165 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0635614  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1419  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  52.6 
 
 		 163 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.218634  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3489  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  51.95 
 
 		 163 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0362  putative tricarboxylic transport membrane protein  38.31 
 
 		 157 aa  79.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5906  putative tricarboxylic transport membrane protein  32 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.896471  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3430  hypothetical protein  32.08 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.784858  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3550  hypothetical protein  31.79 
 
 		 182 aa  70.5  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3601  hypothetical protein  36.13 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.0511186 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3247  integral membrane protein  33.14 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.795605 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3298  integral membrane protein  32.56 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.172548  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3236  integral membrane protein  32.56 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3074  putative tricarboxylic transport membrane protein  32.45 
 
 		 156 aa  62  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.183188 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2568  hypothetical protein  34.87 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0024808 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1643  hypothetical protein  30.32 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0922744  normal  0.0412546 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6184  putative tricarboxylic transport membrane protein  33.13 
 
 		 169 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2071  hypothetical protein  29.03 
 
 		 183 aa  51.6  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.953764  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1394  integral membrane protein  27.98 
 
 		 170 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.070776  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3501  integral membrane protein  29.7 
 
 		 166 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0832  integral membrane protein  29.13 
 
 		 172 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000357641  normal  0.309934 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3010  hypothetical protein  30.37 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.313991  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3005  integral membrane protein  28.31 
 
 		 172 aa  45.4  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0295794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1235  hypothetical protein  28.91 
 
 		 170 aa  44.7  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.422621 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3009  hypothetical protein  28.68 
 
 		 178 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2519  hypothetical protein  26.28 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0448156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2791  putative tricarboxylate transport protein TctB  28.57 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0322  hypothetical protein  25.14 
 
 		 192 aa  41.6  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3441  hypothetical protein  28.19 
 
 		 163 aa  40.4  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00151639  normal  0.878549 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>