37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6111 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6111  hypothetical protein  100 
 
 		 164 aa  317  5e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3335  hypothetical protein  66.04 
 
 		 163 aa  216  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.122468 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3635  hypothetical protein  65.41 
 
 		 163 aa  216  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4256  putative tricarboxylic transport membrane protein  70.12 
 
 		 163 aa  206  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.313811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0307  putative tricarboxylic transport membrane protein  63.16 
 
 		 164 aa  185  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3918  putative tricarboxylic transport membrane protein  58.18 
 
 		 165 aa  168  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0635614  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3314  putative tricarboxylic transport membrane protein  61.29 
 
 		 161 aa  166  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.188099  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1419  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  51.61 
 
 		 163 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.218634  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3489  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  51.61 
 
 		 163 aa  127  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5906  putative tricarboxylic transport membrane protein  32.43 
 
 		 160 aa  74.7  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.896471  normal  0.308497 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0362  putative tricarboxylic transport membrane protein  35.71 
 
 		 157 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.190244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3601  hypothetical protein  38.56 
 
 		 163 aa  70.5  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.0511186 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3247  integral membrane protein  34.55 
 
 		 168 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.461302  normal  0.795605 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3298  integral membrane protein  33.94 
 
 		 168 aa  60.5  0.000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.172548  normal  0.0280313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3236  integral membrane protein  33.94 
 
 		 168 aa  60.5  0.000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.687326  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3074  putative tricarboxylic transport membrane protein  31.87 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.183188 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3430  hypothetical protein  27.22 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.784858  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3501  integral membrane protein  28.48 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543403  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3441  hypothetical protein  30.49 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00151639  normal  0.878549 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6184  putative tricarboxylic transport membrane protein  39.8 
 
 		 169 aa  53.9  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3005  integral membrane protein  28.48 
 
 		 172 aa  53.9  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0295794 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3550  hypothetical protein  25.14 
 
 		 182 aa  53.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37820  hypothetical protein  29.45 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.156933 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0322  hypothetical protein  30.34 
 
 		 192 aa  50.4  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0903  putative tricarboxylic transport membrane protein  27.14 
 
 		 147 aa  48.5  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.530268  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0832  integral membrane protein  29.13 
 
 		 172 aa  48.1  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000357641  normal  0.309934 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4434  putative tricarboxylic transport membrane protein  28.26 
 
 		 146 aa  47.4  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1394  integral membrane protein  28.32 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.070776  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0067  integral membrane protein  28.48 
 
 		 188 aa  47  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4162  hypothetical protein  28.81 
 
 		 195 aa  44.3  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0836389  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2147  hypothetical protein  29.05 
 
 		 198 aa  44.3  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3967  hypothetical protein  24 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1643  hypothetical protein  27.85 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0922744  normal  0.0412546 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0595  putative integral membrane protein  32.91 
 
 		 167 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00342772 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2791  putative tricarboxylate transport protein TctB  31.78 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2071  hypothetical protein  26.58 
 
 		 183 aa  42.4  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.953764  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3103  hypothetical protein  34.29 
 
 		 203 aa  40.8  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.531887  normal  0.721362 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>